マルチカノニカル法によるX線及びNMR実験データに基づく生体高分子の立体構造予測

1997 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 09480181
• Research Institution: Okazaki National Research Institutes
• Principal Investigator: 岡本 祐幸 岡崎国立共同研究機構, 分子科学研究所, 助教授 (70185487)
• Keywords: タンパク質 / 核酸 / 立体構造決定 / X線実験 / NMR実験 / マルチカノニカル法

Research Abstract

我々はこれまで、タンパク質の立体構造予測問題に、物理学の分野で開発された、徐冷モンテカルロ法やマルチカノニカル法適用することを提唱してきた。これまでは、小ペプチド系において、第一原理からの構造予測を試みてきたが、これらの手法はX線実験やNMR実験から得られる構造決定にも使えることを示すと共に、有功なプログラムを開発することが本研究の目的である。
本年度はこれらの最適化手法のうちの三つ(すなわち、マルチカノニカル法、1/k法、焼き戻し法)の有効性を比べ、これら三つの手法が大体同等の有効性を持つことを示した。
更には、マルチカノニカル法では、その確率重み因子を求めるのが容易でないので、それが比較的簡単に求められる新しい手法を独自に開発することに成功した。そして、その有効性をMet-enkephalinの系で確かめた。

Research Products

• [Publications] Hanuman and Okamoto: "Genemlized-ensemble Mode Carbo for systems with rough energy landscape" Physical Review E. 56. 2228-2233 (1997)
• [Publications] Hanuman and Okamoto: "Numerred comparsions of three recently propatied algorithm in the protein folding problem" J.Computational Chemistry. 18. 920-933 (1997)