1997 Fiscal Year Annual Research Report
癌細胞におけるゲノムDNA変異及びRNA発現変動の高速スキャニング法の開発
| Project/Area Number |
09557014
|
|---|
| Research Institution | The University of Tokyo |
|---|
Principal Investigator |
油谷 浩幸 東京大学, 医学部・附属病院, 助手 (10202657)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
嶌田 雅光 宝酒造(株), バイオメディカルセンター, 次席研究員
児玉 龍彦 東京大学, 先端研, 教授 (90170266)
|
|---|
| Keywords | ゲノムスキャニング / RDA法 / 染色体欠失 / 遺伝子発現 |
|---|
| Research Abstract |
本研究においては遺伝子に生じた質的及び量的異常をゲノム全体を対象として高速にスキャニングする技術を開発し、変異遺伝子同定への応用を試みた.
1.ゲノムスキャニング法の開発
(1)癌細胞DNAにおけるゲノム変異領域の同定と解析 RDA(Representational Difference Analysis)法により癌細胞DNAにおいて特異的に欠失している領域からDNAマーカーを増幅、同定した.癌細胞DNAをドライバーに用いることにより、ホモ欠失しているゲノム領域からのDNA断片を増幅できた。
(2)スクリーニング用高密度フィルターの作成 PCRにより増幅可能な制限酵素断片を予めライブラリー化し、全ゲノムをカバーすることをめざす。独立した3万個の100kb毎に1個のマーカー密度が得られる。マクロあるいはミクロアレーを作成することにより、スクリーニングの高速、簡便化を図る。BglIIにて切断後、アダプターを付加し、増幅したアンプリコンをインサートとするプラスミドライブラリーを作成し、既存のプローブにより現在そのrepresentationについて検討を加えている。
2.RNA発現量の比較スキャニング法の開発
cDNA-RDA法の開発 2つの試料間での遺伝子発現レベルを比較するために、RNAより逆転写したcDNA同士を比較するべく、RDA法を改良・応用したサブトラクション法を開発中である。
|
-
[Publications] Aburatani H, Hippo Y, Ishida T, et al.: "Cloning and characterization of mammalian 8-hydroxyguanine-specific DNA glycosylate/apurinic,apyrmdiniclyase,a Functional mutM homologue" Cancer Res.57(11). 2151-2156 (1997)
-
[Publications] Hallstensson K, Thylin S, Aburatani H, et al.: "Representational Difference Analysis and Loss of Heterozygosity Studies Detect 3p Deletions in Neuroblastoma." Eur.J.Cancer. 33(12). 1966-1970 (1997)
-
[Publications] Suzuki H, Kurihara Y, Aburatani H, Kodama T, et al.: "A role for macrophage scavenger receptors in atherasclerosis and susceptibility to infection." Nature. 386(6622). 292-296 (1997)
-
[Publications] Doi T, Minami T, Itoh M, Aburatani H, et al.: "An alternative form of nucleolysin binds to a T-cluster DNA in the silencer element of platelet factor 4 gene." Biochem.Biophys.Res.Commun.235(3). 625-630 (1997)
-
[Publications] Ejeskar K, Aburatani H, Abrahamsson J, et al.: "Loss of heterozygosity of 3p markers in neuroblastoma tumors implicate a tumor-suppressor locus distal to the FHIT gene." Br.J.Cancer. (印刷中). (1998)
