1999 Fiscal Year Annual Research Report
癌細胞におけるゲノムDNA変異及びRNA発現変動の高速スキャニング法の開発
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09557014
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
油谷 浩幸 東京大学, 先端科学技術研究センター, 助教授 (10202657)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
児玉 龍彦 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (90170266)
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| Keywords | 染色体欠失 / トランスクリプトーム解析 / 組織特異性 |
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| Research Abstract |
がん細胞における生じる遺伝子異常をゲノム及びトランスクリプトームの両面から包括的に解析を進めてきた。ゲノム解析においては、胃癌において3カ所の染色体ホモ欠失領域を同定し、新規遺伝子ZAP1の単離を行い、機能解析を進めている。トランスクリプトーム解析については、オリゴヌクレオチドアレイ(GeneChip Affymetrix社)による遺伝子発現レベルの解析を進めてきた。第一に、SAGE(Serial Analysis of Gene Expression)法との比較によりオリゴヌクレオチドアレイ法の定量性を検討した。SAGE法はcDNA由来の10塩基のタグの出現頻度を数えることにより、遺伝子の発現レベルを定量的に解析することができる。GeneChip法の発現強度とSAGE法の出現頻度との比較を行ったところ、大変よい相関が得られた。オリゴヌクレオチドチップ解析においては、対照検体なしに発現レベルをモニタリングできるので、組織間の発現量を比較しやすいと考えられる。
さらに、遺伝子発現の組織特異性については、GeneChipデータとともにSAGEデータを統合することにより、遺伝子毎に種々の細胞や臓器での発現レベルが一覧できるようなデータベースを構築中である。現在、がん細胞及び癌組織を用いてのGeneChip解析に着手しており、既知の遺伝子6800を対象として肝細胞癌において癌特異的な発現が誘導される遺伝子群として抽出される4つの遺伝子のうち1つはAFP遺伝子であり、正常肝及び他の組織では発現がなく肝細胞癌で数十倍の発現増加を示しており、腫瘍マーカーとして理想的な発現プロファイルを示していることが示された。他の3つについて詳細な検討を進めている。
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[Publications] Asagoshi K,et al.: "Distinct repair activities of human 7,8-dihydro-8-oxoguanine DNA glycosylase and formamidopyrimidine DNA glycosylase for formamidopyrimidine and 7,8-dihydro-8 oxoguanine"J Biol Chem. 275(7). 4956-4964 (2000)
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[Publications] Ishida T,et al.: "Structure and chromosomal localization of human MMH/OGG1 gene"Cytogenetics and Cell Genetics. 85(3-4). 232-236 (1999)
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[Publications] Monden Y,et al: "Human MMH(OGG1) type 1a protein is a major enzyme for repair of 8-hydroxyguanine lesions in human cells"Biochem Biophys Res Commun. 258. 605-610 (1999)
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[Publications] Ishida T,et al.: "New DNA polymorphisms of human MMH/OGG1 gene : prevalence of one polymorphism among lung adenocarcinoma patients in Japanese"Int J Cancer. 80. 18-21 (1999)
