1997 Fiscal Year Annual Research Report
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09670283
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Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Research Institution | Wakayama Medical University |
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Principal Investigator |
秋本 茂 和歌山県立医科大学, 医学部, 教授 (10159337)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大西 克成 徳島大学, 医学部, 教授 (10037400)
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| Keywords | バクテロイデス / ゲノム解析 / パルスフィールドゲル電気泳動法 / 制限酵素 / 分類 / 進化系統樹 |
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| Research Abstract |
バクテロイデス・フラジリスを代表菌種とするバクテロイデス属は日和見感染の原因として重要なグラム陰性嫌気性菌であるが、その分類は未だ不完全である。我々は、菌種間のゲノム構造そのものを比較することがバクテロイデスの新たな分類・同定の指標となりうると考えて、パルスフィールドゲル電気泳動法(PFGE)を用いてバクテロイデス属7菌種のゲノムサイズを決定するとともに制限酵素切断パターンを比較した。B.fragilis,B.eggerthii,B.distasonis,B.ovatus,B.thetaiotaomicron,B.uniformis,B.vulgatusの染色体DNAを3種類の制限酵素I-Ceu、Not I、Asc Iにより単独または二重切断して断片を分離し、その長さの合計から各菌株のゲノムサイズを決定した。B.fragilisは5.2Mb (megabase pairs)、B.thetaiotaomicronは4.8Mb、B.eggerthiiは4.4Mb、B.uniformisは4.6Mb、B.distasonisは4.8Mb、B.vulgatusは5.1Mb、B.ovatusは6.9Mbであった。B.distasonisとB.vulgatusとの間、またB.eggerthiiとB.uniformisとの間にはI-Ceu I切断パターンに高い相似性が見られた。バクテロイデス属の7菌種をI-Ceu断片の数から、4 (B.eggerthii及びB.uniformis)、5 (B.ovatus)、6 (B.fragilisおよびB.thetaiotaomicron)、7 (B.distasonisおよびB.vulgatus)の4つのクラスに分類することができた。以上の結果より、ゲノムサイズ、制限酵素切断パターン、およびI-CeuI断片の数に基づいてバクテロイデス属の7菌種の進化系統樹を作成し、16S rRNAの塩基配列に基づいた進化系統樹と比較した。両者は総体的には一致していたが、1)B.distasonisとB.vulgatusはサブクラスターを形成する、2)B.thetaiotaomicronはB.ovatusよりB.fragilisに近縁であるという点が、今回のゲノム解析により明らかになった。
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