1999 Fiscal Year Annual Research Report

PolyamineとZ-DNAの相互作用についての構造科学的研究

Research Project

Project/Area Number	09672201
Research Institution	Osaka University of Pharmaceutical Sciences
Principal Investigator	大石宏文大阪薬科大学, 薬学部, 助手 (00211095)
Keywords	左巻きZ-DNA / Polyamine / minor groove / X-線結晶構造解析 / 分子動力学 / 塩濃度 / 分子設計 / 相互作用様式
Research Abstract	1999年にはZ-DNA認識蛋白質がZ-DNAとの複合体結晶でX-線結晶構造解析されその蛋白質がRNAaminaseであることがわかった。この蛋白質は核酸塩基のグアニン塩基をアデニン塩基に変換する酵素であることがわかり、それによって核酸のグアニン塩基がアデニン塩基に変換され本来目的とする蛋白質の塩基コードと違う塩基に変換されてしまうため転写異常を起こし目的外の蛋白質を作らせる働きがあることもわかってきた。このようなことが明らかになるにつれPolyamineとZ-DNAのなぞはより深くなってきた。高濃度のPolyamineとDNAを混ぜ合わせるとDNAは左巻きZ-DNAになることも明らかにされている。そこでわれわれは様々なPolyamineとDNAの相互作用様式を調べるため様々なPolyamineとZ-DNA複合体結晶構造を明らかにし、PolyamineのZ-DNAに対する作用を明らかにすると同時にZ-DNAを安定化するPolymineのデザインに成功した。そこでわれわれはこれらのPolymineをさらにデザインしさらにZ-DNAを強力に安定化すると考えられるPolyamineとZ-DNAとの複合体結晶を作成し、X-線結晶構造解析を行っていく予定である。さらにZ-DNAのなりやすさにシークエンス依存性があることなどもわかってきたためシークエンスとZ-DNAの関連性をX-線結晶構造解析法を使用して明らかにしていく予定である。分子動力学法を用いた計算機科学的研究ではZ-DNAは金属イオンによって安定化されさらにその金属の質量が大きくなるにつれて安定化することがわかってきた。またPolyamineなどのDNAに結合しやすい物質といっしょに分子動力学計算を行うと回りの金属イオンの質量が低くてもZ-DNAは安定化することがわかった。しかしPolyamine単体ではZ-DNAを安定化できないこともわかった。さらに分子動力学計算で(d(AC)_4/d(TG)_4)のシークエンスではどのような条件でもZ-DNAにならないことが明らかになった。

Research Products

(6 results)

All Other

All Publications (6 results)

[Publications] Hirofumi Ohishi: "The Computation Studies on the Conformation-stabilizing Factors of the Left-handed Z-DNA"Nucleoside and Nucleotide. 18. 1571-1573 (1999)
[Publications] Ken-ichi Tomita: "Crystal Structure of a Left-handed Z-DNA Hexamer, d(CG)_3 Duplex Complexed with Synthetic Polyamine Binding of a Polyamine in the Minor Groove at Room Temperature"Nucleoside and Nucleotide. 18. 1567-1569 (1999)
[Publications] Seiji Komeda: "An NMR study and crystal structure of [{cis-Pt(NH_3)_2(9EtG-kN7)}_2-(μ-pz)][NO_3]_3(9EtG=9-ethylguanine)as a model compound for the 1,2-intrastrand GC crosslink"J. Chem. Soc., Dalton Trans.. 2959-2962 (1999)
[Publications] Shinya Harusawa: "Synthesis of Imifuramine and its Stereoisomers Exibiting Histamine H3-Agonistic Activity"Tetrahedron Letters. 40. 2561-2564 (1999)
[Publications] Hironori Ohtsu: "Standishinal, a Novel Carbon Skeletal Diterpene form the Bark of Thuja standishii[Gorg.]Carr."Tetrahedron Letters. 40. 6419-6422 (1999)
[Publications] Yoshiji Takemoto: "Utility of a Diene-Tricarbonyliron Complex as a Mobile Chiral Auxiliary:Regio and Stereocontrolled Functionalization of Acyclic Diene Ligands"J.Am.Chem.Soc.. 121. 9143-9154 (1999)

1999 Fiscal Year Annual Research Report

PolyamineとZ-DNAの相互作用についての構造科学的研究

Principal Investigator

大石 宏文 大阪薬科大学, 薬学部, 助手 (00211095)

Research Products

[Publications] Hirofumi Ohishi: "The Computation Studies on the Conformation-stabilizing Factors of the Left-handed Z-DNA"Nucleoside and Nucleotide. 18. 1571-1573 (1999)

[Publications] Ken-ichi Tomita: "Crystal Structure of a Left-handed Z-DNA Hexamer, d(CG)_3 Duplex Complexed with Synthetic Polyamine Binding of a Polyamine in the Minor Groove at Room Temperature"Nucleoside and Nucleotide. 18. 1567-1569 (1999)

[Publications] Seiji Komeda: "An NMR study and crystal structure of [{cis-Pt(NH_3)_2(9EtG-kN7)}_2-(μ-pz)][NO_3]_3(9EtG=9-ethylguanine)as a model compound for the 1,2-intrastrand GC crosslink"J. Chem. Soc., Dalton Trans.. 2959-2962 (1999)

[Publications] Shinya Harusawa: "Synthesis of Imifuramine and its Stereoisomers Exibiting Histamine H3-Agonistic Activity"Tetrahedron Letters. 40. 2561-2564 (1999)

[Publications] Hironori Ohtsu: "Standishinal, a Novel Carbon Skeletal Diterpene form the Bark of Thuja standishii[Gorg.]Carr."Tetrahedron Letters. 40. 6419-6422 (1999)

[Publications] Yoshiji Takemoto: "Utility of a Diene-Tricarbonyliron Complex as a Mobile Chiral Auxiliary:Regio and Stereocontrolled Functionalization of Acyclic Diene Ligands"J.Am.Chem.Soc.. 121. 9143-9154 (1999)

大石宏文大阪薬科大学, 薬学部, 助手 (00211095)