1998 Fiscal Year Annual Research Report
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09680397
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
中西 通雄 大阪大学, 情報処理教育センター, 助教授 (30227847)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
川本 芳久 大阪大学, 基礎工学研究科, 助手 (40283741)
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| Keywords | 分散データベース / エージェント / 検索方式 / オブジェクト指向 / 分子生物学データベース |
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| Research Abstract |
本研究の目的は、分子生物学分野のデータベースを素材として分散データベースを構成し、エージェントを用いた検索方式について,実際に試作して検討を行うことにより、必要とされる機能を明らかにすることである。
今回試作したシステムでは、米国や欧州にあるGenbank,Swiss-prot,PIRおよびPDBの各データベースをコピーして研究室内の複数のワークステーションに分散配置し、各データベース側にデータベースエージェントを置いている。データベースエージェントは、Javaアプレットで作成し、利用者がJavaを用いてWeb画面上から検索できるような仕組みを作成した。エージェント間のオブジェクト通信にはHORBを用いている。検索結果から必要最低限の情報として例えばエントリ名だけをクライアントに送り、検索されたデータはデータベースホスト側エージェントにHORBオブジェクトとして一時的に保管するようにしている。すなわち、エントリの内容は必要になった時に転送して共通フォーマットで表示するようにし、不要なデータ送信を減らしている。さらに、配列のアラインメントや集合演算などの計算処理は、データベースホストとは別の高速な計算機へエントリのデータを送信して、そこで実行できるようにしている。データの保管期間については、現状ではクライアントが接続しているセッションの間としているが、今後検討の余地がある。応答速度も良好である。また、各データベースエージェント側で配列の相同性検索を用いてエントリ集合を得て、同一遺伝子のエントリを統合する統計的手法についても試作検討した。
実運用されているデータベースホストマシンにエージェントソフトウェアを入れてもらうためには安全性を確保する必要があるが、これはこの種のシステム構成手法に共通の課題である。
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[Publications] Y.Kawamoto,A.Inoue,Y.Tamada,H.Matsuda,M.Nakanishi,A.Hashimoto: "A Method for Retrieving Relevant Entries of Molecular Biology Databases using Word Cooccurrence Frequency" Proceedings of International Symposium on Digital Media Informa-tion Base(DMIB'97). 96-100 (1997)
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[Publications] 三上知親,今井孝,吉川孝伸,粕川雄也,松田秀雄,中西通雄,橋本昭洋: "マルチエージェントによる異種の分子生物学データベースの統合と検索の実現" 情報処理学会研究会報告. DBS-114-17. 121-128 (1998)
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[Publications] 吉川孝伸,今井孝,中西通雄,松田秀雄,橋本昭洋: "モバイルエージェントを用いた異種の分子生物学データベースの検索手法" 電子情報通信学会 第9回データ工学ワークショップ(DEWS'98)論文集. CDROM. (1998)
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[Publications] 日浦太,川本芳久,中西通雄,松田秀雄,橋本昭洋: "分子生物学データベースにおける単語の共起性と出現位置による関連エントリ探索手法" 電子情報通信学会 第9回データ工学ワークショップ(DEWS'98)論文集. CDROM. (1998)
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[Publications] 三上知親,今井孝,松田秀雄,中西通雄,橋本昭洋: "マルチエージェントによる異種の分子生物学データベースの統合" 電子情報通信学会 第9回データ工学ワークショップ(DEWS'98)論文集. CDROM. (1998)
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[Publications] 川本芳久,日浦太,中西通雄,松田秀雄,橋本昭洋: "単語の共起頻度と範囲内重要度による分子生物学データベースの関連エントリ探索手法" 電子情報通信学会 データ工学研究会. DE98-3. 15-22 (1998)
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[Publications] 粕川雄也,松田秀雄,中西通雄,橋本昭洋: "XMLで記述された半構造データの一管理手法" 電子情報通信学会 第10回データ工学ワークショップ(DEWS'99)論文集. CDROM. (1999)
