遺伝子転写コアクチベーターの立体構造とタンパク質間相互作用の解析

1998 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 09680652
• Research Institution: Nara Institute of Science and Technology
• Principal Investigator: 白川 昌宏 奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 助教授 (00202119)
• Keywords: 立体構造 / 転写因子 / NMR / 蛋白質 / 蛋白質間相互作用 / DNA結合蛋白質

Research Abstract

以下に代表される成果を得た。
・ カイコ及びヒトMBF1
TBP結合能を有したカイコ及びヒトMBF1のC末端側コアドメインの立体構造決定を行った。4本のヘリックスと特徴的なC末端Ωループからなるコンパクトな立体構造を持つ。点突然変異体の解析から転写活性化に必要な残基を同定することが出来た。
・ ヒトXPA蛋白質 中央ドメイン
構造解析の結果、XPA中央ドメインはN末のZnフィンガー部分のサブドメインとC末端サブドメインの2つのサブドメインからなり、両者は8残基のリンカーで繋がれている事が判った。結合実験によって、XPAのC末端側サブドメインの正に荷電したクレフトがDNAの相互作用部位であり、ZnフィンガーサブドメインがRPA70との相互作用部位の一つであることを示す結果を得た。
・ ヒトDlg蛋白質PDZドメインとAPC C末端部分との複合体
立体構造解析の結果、APC C末端部分は、α/β構造を持つhDLG2-PDZ2ドメインのヘリックスとβシートの間にある疎水的なクレフトに入り込むように結合していることがわかった。APCの末端のカルボキシル基は、クレフトの端に存在する正電荷のパッチにより結合の安定化を受けていると考えられる。
・ 大腸菌ArcB
大腸菌の嫌気性センサーArcBのC末端リン酸基転移ドメインの立体構造を決定した。^<15>N緩和実験、及びアミドプロトン交換速度の詳細な解析によって、蛋白質の内部運動、外部運動、及び安定性の解析を行った。
・ 2量体架橋をしたλCro蛋白質
蛋白工学的手法の応用としてホモ2量体を形成するλファージCro蛋白質にシステイン残基を導入することにより、S-S架橋変異体を作成した。その溶液中での立体構造を決定した。

Research Products

• [Publications] T.Ikegami 他: "Solution structure of the DNA-and RPA-binding domain of the human repair factor XPA" Nature Structural Biology. 5. 701-706 (1998)
• [Publications] J.Furui 他: "Solution structure of the IRF-2 DNA binding domain a novel subgroup of the winsethelix-turn-helix family" Structure. 6. 491-500 (1998)
• [Publications] T.Ikegami 他: "Resonance assignnet', solution Structure, and of the DNA and PRA binding domain of Human Repair factor XPA" Journal of Biochemistry. 125. 495-506 (1997)
• [Publications] T.Ikegami 他: "An efficiet HN(CA)NH pulse scheme for triple-resonance 4D correlation of sequential amide protons and nitrogens-15 in denterated proteins" Journal of Magnetic Resonance, Series B. 124. 214-217 (1997)