1997 Fiscal Year Annual Research Report
| Project/Area Number |
09771377
|
|---|
| Research Institution | Keio University |
|---|
Principal Investigator |
浅川 修一 慶應義塾大学, 医学部, 助手 (30231872)
|
|---|
| Keywords | BAC / DFNB8 / DFNB10 / ポジショナルクローニング / 21番染色体特異的コスミドライブラリー / 家族性ろう / ゲノムシーケンス / APECED |
|---|
| Research Abstract |
1.BAC・コスミドコンティグの作成と塩基配列決定
我々は従来3ゲノム相当のBACライブラリー(Gene,191,69-79,1997)及び7ゲノム相当の21番染色体特異的コスミドライブラリーを用いて家族性聾原因遺伝子(DFNB8、DFNB10)のマップされている21q22.3のマーカーMX1-D21S171間約3MbのBAC・コスミドコンティグの作成を進めていたがコンティグの一部にギャップが存在した。そこで平均160kb、10万個のBACを新たに収集しコンティグの作成をさらに進め、約2.5Mb以上をカバーした。これらのコンティグのうちすでに2Mbのショットガンシーケンシングをほぼ完了した。
2.遺伝子の探索
決定した塩基配列をもとにGenBank、DDBJなどの塩基配列データベースに登録されている既知遺伝子、EST配列との照合を行い遺伝子と予想される配列のマッピングを行った。さらにエキソン予測ソフトGrail、GeneScan等を用いて遺伝子の予測を行った。これらは遺伝子の部分的な推定情報であるため、実際に発現していることを確認し、遺伝子構造を決定するため、ノーザン解析、cDNAスクリーニング、RT-PCR、RACE法をおこなった。このようにした明らかにした遺伝子の中で遺伝子AIREが家族性聾と同じくマーカーMX1-D21S171間にマップされていた自己免疫疾患APECEDの原因遺伝子であることを明らかにした(Nature genet.,17,393-398,1997)。またAIRE以外にもすでに10個以上の新規遺伝子を同定しており(Genomics,42;528-531,1997,BBRC,235;185-190,1997,DNA Res.,4;45-52,1997)、今後それらの遺伝子と家族性聾との関連を調べていく。
|
-
[Publications] S.Asakawa: "Human BAC library:construction and rapid screening" Gene. 191. 69-79 (1997)
-
[Publications] K.Nagamine: "Genomic organization and complete nucleotide sequence of the TMEM1 gene on human chromosome 21q22.3" Biochem.Biophys.Res.Commun.235. 185-190 (1997)
-
[Publications] J.Kudoh: "Localization of 16 exons to a 450-kb region involved in the autolmmune polyglandular disease type I(APECED)on human chromosome 21q22.3" DNA Res.4. 45-52 (1997)
-
[Publications] K.Nagamine: "Posision cloning of the APECED gene" Nature Genet.17. 393-398 (1997)
-
[Publications] K.Nagamine: "Genomic organization and complete nucleotide sequence of the human PWP2 gene on chromosome21" Genomics. 44. 528-531 (1997)
-
[Publications] 浅川修一: "ヒトゲノムBACライブラリーの構築とポジショナルクローニング" Biotherapy. 11. 1162-1169 (1997)
