1997 Fiscal Year Annual Research Report
PCR-RFLP多型をもちいたメダカ連鎖地図の作成と発現遺伝子のマッピング
| Project/Area Number |
09780621
|
|---|
| Research Institution | The University of Tokyo |
|---|
Principal Investigator |
成瀬 清 東京大学, 大学院・理学系研究科, 助手 (50208089)
|
|---|
| Keywords | メダカ / ESTS / 連鎖地図 / PCR / RFLP / cDNA / 北日本集団 / 南日本集団 |
|---|
| Research Abstract |
メダカ連鎖地図の作製と発現遺伝子のマッピングを目的として、DDBJ/EMBL/GenBank DNAデータベースに登録されているメダカcDNA配列や新たに我々が単離したcDNA配列を元にプライマーを作成し、北日本集団由来の近交系HNIと南日本集団由来の近交系Hd-rR,AA2との間でRFLP多型を探索した。見いだした多型をもちいて当該cDNA遺伝子座のマッピングをおこなったところ、現在までに28のcDNA遺伝子座をマッピングすることができた。見いだされた連鎖群を以下に記す。LMP2--LMP7--Tp53--Trp1(連鎖群9)、Bf/C2--Hsc70(連鎖群20)、Mhc classllb-2--act-m(ND),Opsin(blue)--Opsin(red)--Opsin(green)(ND)。またより多くの発現遺伝子をマッピングするために、HNI系統の雄成魚からファージcDNAライブラリーを作成した。またより簡便にDNA配列を決定する系の確立をめざして、PCRと蛍光ダイレクトシークエンスを組み合わせた塩基配列決定法を試みた。ランダムにファージクローンをピックアップして、インサート部分をPCRにより増幅した。そのPCR産物を鋳型として、PCR増幅用のプライマーをそのままシークエンスプライマーとして用い、蛍光シークエンサーによるダイレクトシークエンス法をおこない、塩基配列を決定することができた。これによりファージDNAやプラスミドDNAを調整することなく塩基配列を知ることができるようになった。またゲノムマーカーを増やす手段として500bpほどのインサートを含むゲノムDNAライブラリーも作成した。このライブラリーからCAリピートを含む配列を単離し、そのシークエンスを解析している。
|
-
[Publications] Naruse,K: "Classitication and Phylogeny of the genus Uryzias and its relatives" The Fish Biology Journal MEDAKA. 8. 1-9 (1996)
-
[Publications] Inohaya k.et al: "Species-dependent migrution of fish hokhing cells that commonly express astacin-like proteases" Develop.Growth Differ.39. 191-197 (1997)
-
[Publications] Kuroda,N.et al: "Molecular cloning and linkaga analysis of the Japanese medaka fish complement BfIC2 gene" Immunogenetics. 44. 459-467 (1996)
-
[Publications] Namikawa-Yamada C etal: "Genetic llhkage between the LMP2 and LMP7 gens in the medaka fish,a teleost" Immunogenetics. 46(5). 431-433 (1997)
