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2009 Fiscal Year Annual Research Report

哺乳動物細胞における核内non-coding RNAの特異的分解制御機構の解明

Research Project

Project/Area Number 09J05282
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

谷 英典  The University of Tokyo, アイソトープ総合センター, 特別研究員(PD)

Keywordsnon-coding RNA / MALAT-1 / RNA分解 / Xrn2 / PM / Scl-75 / PM / Scl-100 / PARN / Mtr4
Research Abstract

タンパク質をコードしないnon-coding RNAが適切に生理機能を発揮して細胞機能を発現するためには,non-coding RNAの分解制御が極めて重要な役割を果たすものと考えられる。そこで本研究では,哺乳動物細胞の細胞核中のスペックル構造体に局在する約8kbのnon-coding RNAであるmetastasis associated lung adenocarcinoma transcript 1(MALAT-1)に着目し,核内でのMALAT-1の分解を調べることで,核内non-coding RNAの特異的分解制御機構の解明を試みた。
まず,5種類のヒト由来ガン細胞株を用いて,RNA polymerasell転写阻害剤であるDRBを細胞培養液に添加し,細胞内でのRNAの転写反応を阻害させた後,経時的に細胞を回収し,細胞からtotal RNAを抽出して,Northern blot法によりMALAT-1量を測定した。その結果,紬胞株間によってMALAT-1分解速度はそれぞれ異なり,半減期が約9時間のものから12時間以上のものまで存在することを見出した。
次に,MALAT-1の分解に関与する因子を特定すべく,いくつかの核内RNA分解関連因子をsiRNAによりノックダウンし,MALAT-1分解速度に影響がみられるかどうかを調べた。核内RNA分解関連因子として,Xrn2,PM/Scl-75,PM/Scl-100,PARN,Mtr4をノックダウンし,DRBを添加後,経時的に細胞を回収し,細胞からtotal RNAを抽出して,Northern blot法もしくはReal-time PCR法によりMALAT-1量を測定した。その結果,これらの因子をノックダウンしても,MALAT-1の分解速度に影響はみられなかった。よって,これらのRNA分解関連因子は,MALAT-1の分解には影響しない,もしくは,単独のノックダウンではMALAT-1の分解速度には影響がみられない可能性があると考えられる。

  • Research Products

    (13 results)

All 2010 2009

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (7 results) Book (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results)

  • [Journal Article] Real-time monitoring of RNA helicase activity using fluorescence resonance energy transfer in vitro.2010

    • Author(s)
      Tani, H., et al.
    • Journal Title

      Biochemical Biophysical and ResearchCommunications 393

      Pages: 131-136

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantitative detection of chloroethene-reductive bacteria Dehalococcoides spp. using alternately binding probe competitive polymerase chain reaction.2010

    • Author(s)
      Miyata, R., et al
    • Journal Title

      Molecular and Cellular Probes 24

      Pages: 131-137

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Universal quenching probe system : flexible, specific, and cost-effective real-time PCR method.2009

    • Author(s)
      Tani, H., et al
    • Journal Title

      Analytical Chemistry 81

      Pages: 5678-5685

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Universal quenching probe system : flexible, specific, and cost-effective real-time polymerase chain reaction method2009

    • Author(s)
      野田尚宏, ら
    • Organizer
      第32回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2009-12-10
  • [Presentation] 海洋生物抽出液ライブラリーからのC型肝炎ウイルスNS3 helicase活性阻害物質の探索2009

    • Author(s)
      松田泰嘉, ら
    • Organizer
      第57回日本ウイルス学会学術集会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2009-10-26
  • [Presentation] 核局在型non-coding RNAであるMALAT-1の分解に関する研究2009

    • Author(s)
      谷英典, ら
    • Organizer
      RNAフロンティアミーティング2009
    • Place of Presentation
      神奈川
    • Year and Date
      2009-09-27
  • [Presentation] 新規等温遺伝子定量手法Alternately binding probe competitive helicase-dependent amplification (ABC-HDA)法の開発2009

    • Author(s)
      古田篤史, ら
    • Organizer
      日本生物工学会平成21年度大会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2009-09-24
  • [Presentation] 蛍光消光現象を利用したC型肝炎ウイルス由来ヘリカーゼ活性阻害剤の探索2009

    • Author(s)
      松田泰嘉, ら
    • Organizer
      日本生物工学会平成21年度大会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2009-09-24
  • [Presentation] Alternately binding probe competitive (ABC)-PCR法を用いた土壌サンプルからのDNA抽出効率算出法2009

    • Author(s)
      宮田亮, ら
    • Organizer
      日本生物工学会平成21年度大会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2009-09-24
  • [Presentation] 核局在型ノンコーディングRNAであるMALAT-1の分解に関する研究2009

    • Author(s)
      谷英典, ら
    • Organizer
      第11回RNAミーティング
    • Place of Presentation
      新潟
    • Year and Date
      2009-07-27
  • [Book] マリンメタゲノムの有効利用第3章メタゲノム解析におけるFunction-based screening法の高度化2009

    • Author(s)
      野田尚宏, ら
    • Total Pages
      279
    • Publisher
      シーエムシー出版
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 核酸定量用試薬及びそれを用いる核酸の定量方法2010

    • Inventor(s)
      金川貴博, 野田尚宏, 谷英典
    • Industrial Property Rights Holder
      独立行政法人産業技術総合研究所
    • Industrial Property Number
      特許,特許第4452798号
    • Acquisition Date
      2010-02-12
  • [Patent(Industrial Property Rights)] APOBEC3Gの活性測定方法2009

    • Inventor(s)
      野田尚宏, 関口勇地, 須藤恭子, 宮田亮, 谷英典, 常田聡
    • Industrial Property Rights Holder
      独立行政法人産業技術総合研究所,学校法人早稲田大学
    • Industrial Property Number
      特許,特願2009-254354
    • Filing Date
      2009-11-05

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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