日本におけるプロテインデータバンクの編集体制の整備に関する研究

1998 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 10558109
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: 楠木 正巳 大阪大学, 蛋白質研究所, 助教授 (90135749)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 伊賀 祐一 株式会社システム, 研究室長 ; 安永 照雄 大阪大学, 遺伝情報実験施設, 教授 (20260630) ; 栗栖 源嗣 大阪大学, 蛋白質研究所, 助手 (90294131) ; 京極 好正 大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (90012632)
• Keywords: データバンク / プロテイン / データベース / 構造生物学 / 結晶

Research Abstract

プロテインデータバンクは、実験的に決められた蛋白質・核酸などの生体高分子の立体構造の原子座標を収録している世界唯一のデータベースであり、これまで主に米国ブルックヘブン国立研究所がデータの収集・編集・データベース化を行なってきた。プロテインデータバンクのエントリー数は9,000を超え、データ数の増加に伴って構造生物学における利用価値が増大するとともに、データも世界規模で収集・編集する必要がでてきた。
大阪大学蛋白質研究所において,日本ならびにアジア・オセアニア地区で立体構造が決定された生体高分子のデータを登録・編集・データベース化する体制を整備とそれに必要な研究を行うことが目的である。
データの登録は、AutoDepというWorld-Wide-Web上で動くソフトウェアを大阪大学蛋白質研究所に設置し、これにアジア・オセアニア地区の蛋白質結晶学者、NMR構造解析研究者がこれにインターネットでアクセスし、データを登録する予定であった。AutoDepはすでにセットアップしたが、プロテインデータバンクの運営が、米国のブルックヘブン国立研究所からRCSB(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics)に移行することが決まった。移行期間は、1998年10月から1999年10月である。プロテインデータバンクの登録が、ブルックヘブン国立研究所が開発したAutoDepから、RCSBが開発したADITに移行することになた。大阪大学蛋白質研究所では、AutoDepの整備を中止し、現在ADITの設置をおこなっている。

Research Products

• [Publications] 楠木正巳: "プロテインデータバンク:現状と国際協力" 学術月報. 51. 1104-1108 (1998)
• [Publications] 楠木正巳,五十嵐令子,鈴木理子,岡本ユリ,栗栖源嗣: "大阪大学蛋白質研究所でのプロテインデータバンクの活動" 日本生物物理学会誌. 38. S149-S149 (1998)
• [Publications] M.Kusunoki,R.Igarashi et al.: "Protein Data Bank Activities at the Institute for Protein Research,Osaka University,Japan" 3rd Conference of Asian Crystallographic Association Plogram and Abstruct. 13920-13920 (1998)