2000 Fiscal Year Annual Research Report
日本におけるプロテインデータバンクの編集体制の整備に関する研究
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10558109
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
楠木 正巳 大阪大学, 蛋白質研究所, 助教授 (90135749)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
安永 照雄 大阪大学, 遺伝情報実験施設, 教授 (20260630)
栗栖 源嗣 大阪大学, 蛋白質研究所, 助手 (90294131)
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| Keywords | データバンク / プロテイン / データベース / 構造生物学 / 結晶 / NMR |
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| Research Abstract |
プロテインデータバンク(PDB)は、実験的に決められた蛋白質・核酸などの生体高分子の立体構造の原子座標を収録している世界唯一のデータベースであり、これまで主に米国では、RCSB(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics)の研究グループとヨーロッパでは英国のEBI(European Bioinformnatics Institute)が、エントリーデータの収集・編集・データベース化を行なっている。大阪大学蛋白質研究所においては日本ならびにアジア・オセアニア地区で立体構造が決定された生体高分子のデータを登録・編集・データベース化を担当している。2000年7月1日から、エントリーデータの編集を開始し、2001年2月28日の時点で、179個のエントリーを編集した。蛋白質研究所では、二人の専任の編集担当者を配置し、業務にあたっている。
データの登録は、生体高分子の立体構造を決定した研究者が、インターネット上のWEBページにアクセスし、約800項目のデータの入力する。蛋白質研究所では、米国RCSBの開発したADITというWEBサーバを運用していうる。ADITでは、入力項目が多いため、日本のデータ入力の初心者のために入力作業の支援の日本語のホームページも作成し、便宜を図っている。
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[Publications] K.Yamamoto,Mikusunoki 他3名: "Crystallization and preliminary X-ray anlysis of glucose dehydrogenase from Bacillas megaterinm IWG3"Acta Crystallographica. D56. 1443-1445 (2000)
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[Publications] M.Otagiri,G.Kulisu,S.Ui Y.Takusagawa,M.Kuswnoki: "Crystal Structure of new-2,3-butanediol dehydrogenase in a Complex with NADI and inhibitor rescan to ethanal"Journal of Biochemistry. 129. 205-208 (2001)
