1998 Fiscal Year Annual Research Report
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10660085
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
松浦 良樹 大阪大学, 蛋白質研究所, 助教授 (90029968)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
勝矢 良雄 兵庫県立工業技術センター, 開発部, 主任研究員
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| Keywords | イソアミラーゼ / X線結晶解析 |
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| Research Abstract |
Pseudomonasイソアミラーゼについて、既に得ていたnative構造の精密化を行い、プロテインデータバンク(PDB)に登録した(登録コード1BF2)。また、FlavobacteriumイソアミラーゼについてプログラムMODELLERを使ったホモロジーモデリング法により構造予測を行い、活性中心付近の立体構造の保存性について検討を加えた。さらに、共結晶化法および浸漬法で基質アナログとPseudomonasイソアミラーゼの複合体結晶の調製を試みた。種々の条件を検索した結果、6-0-α-グルコシル-β-シクロデキストリンを基質アナログとして用いた浸漬法で酵素-基質アナログ複合体結晶の調製に成功した。Pseudomonasイソアミラーゼのnaitive結晶を50mMの6-0-α-グルコシル-β-シクロデキストリン液に15時間浸漬したものを試料としてX線回折実験に供した。X線回折実験はSPring-8の兵庫県ビームライン(BL24XU)を用いて行った。位相決定はnativeイソアミラーゼの座標を用いた分子置換法で行った。分子置換法で得られた解に基づいて差フーリエ合成を行い、電子密度に対して基質アナログ分子の位置を検索した。その結果、ドメインA中央部の活性クレフトに比較的大きな電子密度の固まりを見いだすことができた。とりわけTyr250の近傍にGlc残基とフィットする電子密度の固まりを見いだした。この位置にβ-シクロデキストリンの分子モデルのGlc残基の一つを重ね合わせることで初期モデルを構築した。この初期モデルに対してプログラムX-PLORを使ったシミュレーティド・アニーリング法にり2.2A分解能での構造精密化を試みたところR-値は20.2%となったが、シクロデキストリン環の一部がはっきり見えていないため、複合体結晶の調製とX線回折実験に関して条件を再検討する必要がある。
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Research Products
(1 results)
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[Publications] 勝矢,目崎,久保田,松浦: "Three-dimersional structure ol-P・isoamylase at 2,2A" J.Mol.Biol. 281巻. 885-897 (1998)
