2010 Fiscal Year Annual Research Report
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10J07638
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| Research Institution | Tokyo University of Agriculture and Technology |
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Principal Investigator |
藤村 玲子 東京農工大学, 大学院・連合農学研究科, 特別研究員(DC2)
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| Keywords | 初成土壌 / 微生物生態系 / 三宅島2000年噴火 / ゲノム解析 |
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| Research Abstract |
本研究は土壌生成過程に関わる微生物生態糸を明らかにすることを目的とし、三宅島2000年噴火火山灰堆積物の微生物群集を分子生物学的な手法により解析した。22年度は(1)同試料より分離した難培養性の鉄酸化細菌であるLeptospirillum ferrooxidans C2-3株の全ゲノム配列の決定、及び(2)三宅島初成土壌のメタゲノム解析を行った。
(1)L.ferrooxidansC2-3株の塩基配列(完全長)が決定された(指導教員・太田寛行教授及び東京大学服部正平教授の協力による)。L.ferrooxidansC2-3株のゲノムサイズは約2.5Mbp、2500遺伝子程度であることを明らかにした。研究代表者は本菌株の塩基配列について遺伝子情報を当てはめる、アノテーション作業を行った。作業は研究協力者(服部教授)の指導の下、東京大学柏キャンパスにて行った。数種のデータベースを用いてアノテーションを行った結果より、信頼性が高いと推定される遺伝子をL.ferrooxidansの各遺伝子の候補として決定し、一次アノテーションを終了した。今後は結果をより詳細に解析(二次アノテーション)し、これまで知られていなかったL.ferrooxidansの代謝系を明らかにする計画である。尚、本研究結果の一部は第13回国際微生物生態学会にて報告した。
(2)三宅島2000年噴火火山灰堆積物から直接抽出したDNAについて、網羅的なゲノム解析(メタゲノム解析)を行った。土壌の発達と微生物生態系の遷移について明らかにするため、供試試料は堆積年齢の異なる火山灰堆積物を用いた。22年度は解析のための試料調製(研究代表者)及び一部試料の塩基配列の解読を行った(指導教員・太田寛行教授及び東京大学服部正平教授による)。23年度は解読した塩基配列についてアノテーションを行う計画である。
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