集合系マシーナリーとしての微生物の芳香環分解代謝系の構造生物学

1999 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 11169215
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
• Research Institution: Nagaoka University of Technology
• Principal Investigator: 千田 俊哉 長岡技術科学大学, 工学部, 助手 (30272868)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 野中 孝昌 長岡技術科学大学, 工学部, 助教授 (30242457) ; 福田 雅夫 長岡技術科学大学, 工学部, 教授 (20134512)
• Keywords: PCB分解系 / extradiol型のdioxygenase / 基質特異性 / ferredoxin reductase / 電子伝達系 / biphenyl dioxygenase / 放射光 / X線結晶構造解析

Research Abstract

PheB酵素の構造決定と基質特異性の起源の解析
Extradiol型のdioxygenaseであるPheB酵素の立体構造を、基質非結合型、基質結合型の両者に関して決定した。結晶の質が良くないため、分解能は2.8Åと十分とは言えないがextradiol型dioxygenaseの基質特異性には、サブユニットの会合の仕方やC末端部位のアミノ酸(Phe299)が関与していることを強く示唆する結果が得られた(投稿準備中)。
BphA4(ferredoxin reductase)の結晶構造の決定
PCB分解系中の初発酸化酵素であるBphAの電子伝達系に存在するBphA4(ferredoxin reductase)の立体構造を2.1Å分解能で決定した。また、BphA4-NADH複合体に関しても2.6Å分解能で、その立体構造を決定した。この結果、BphA4がGlutathione reductase(GR)に構造が類似していること、NADHの結合様式もGRのそれに類似していることが明らかになった。これらの立体構造から、BphA3(ferredoxin)の結合位置やBphA4内の電子伝達の経路に関して新たな知見が得られた(投稿準備中)。
BphA1A2(biphenyl dioxygenase)の構造解析
BphA1A2は、PCB分解系中の初発酸化酵素であるBphAの活性部位を構成するコンポーネントで、α_3β_3のサブユニット構成を持っている(分子量約20万)。本年度は、Phodococcus sp strain RHA1由来のBphAlA2の結晶化条件の最適化を行い、約3Åの回折点を与える結晶を得た(投稿準備中)。この結晶の空間群はP4_12_12で、格子定数は、a=b=139.9Å c=240.2Åであった。この結晶を用いて放射光実験施設(PF)において回折データの収集を行った。また、水銀の重原子同型置換体の作成にも成功している。このため、平成12年度には立体構造を決定できると考えている。

Research Products

• [Publications] Sugimoto, K.: "Purification and crystallization of a protocatechuate 4,5-dioxygenase LigAB from Sphinggomonas pausimobilis SYK-6"Protein and Peptide Lett.. 6. 55-58 (1999)
• [Publications] Sugimoto, K.: "Crystal structure of an aromatic-ring opening dioxygenase LigAB, a protocatechuate 4,5-dioxygenase, in aerobic condition"Structure Fold Des.. 7. 953-965 (1999)
• [Publications] Sugimoto, K.: "Purification and Crystallization of a Catechol 2,3-Dioxygenase PheB from Bacillus stearothermophilus BR219"Protein and Peptide Lett.. 6. 403-406 (1999)
• [Publications] Ohtsubo, Y.: "PcpA, which is involved in the degradation of pentachlorophenol in Sphingomonas chlorophenolica ATCC39723, is a novel type of ring-cleavage dioxygenase"FEBS Letters. 459. 395-398 (1999)
• [Publications] Matsumoto, T.: "Three-dimensional structure of the catalytic domain of chitinase A1 from Bacillus circulans WL-12 at a very high resolution"Proc. Aca. Japan. B75. 269-274 (1999)
• [Publications] Taguchi, S.: "A cold-adapted protease engineered by experimental evolution system"J. Biochem. (Tokyo). 126(4). 689-693 (1999)
• [Publications] Fujimoto, K.: "Functionally important residues tyrosine-171 and serine-158 in sepiapterin reductase"Biochim. Biophys. Acta.. 1431(2). 306-314 (1999)
• [Publications] Peng X.: "Characterization of the meta-cleavage compound hydrolase gene involved in degradation of the lignin-related biphenyl structure by Sphingomonas paucimobilis SYK-6"Appl. Environ. Microbiol.. 65(6). 2789-2793 (1999)