メダカゲノムBACライブラリーの構築

2000 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 11236209
• Research Institution: Keio University
• Principal Investigator: 浅川 修一 慶應義塾大学, 医学部, 助手 (30231872)
• Keywords: メダカゲノム / BACライブラリー / HNI / 高密度レプリカメンブレン / 末端シーケンス / GSS / BACコンティグ / デジタルハイブリダイゼーション

Research Abstract

平成12年度は、平成11年度までに作成したメダカBACライブラリー(HNI系統)からランダムにクローンを選び、BACの末端シーケンスを決定することを目的に、研究を進めた。多数の検体から、シーケンス反応に適したBAC-DNAサンプルを抽出するための条件検討を行った。具体的には、96サンプル単位で大腸菌をそれぞれ3mlの培地で培養し、QIAGEN REALキットの試薬を用いて精製を行った。現在までに、約2,000クローンのDNAサンプルを抽出し、そのうちの1,000サンプルについてシーケンスのテストランを行った。その結果、一部に改善の余地があるものの、大量のBAC末端シーケンスを行える高純度かつ十分量のDNAサンプルを得て、効率よく安定にBACのダイレクトシーケンシングを行うたの実験条件を確立した。現在実際にBACの末端シーケンスの蓄積を進めている。これらのシーケンスはGSSとして登録し、デジタルハイブリダイゼーション法によるBACコンティグ作成などに活用していきたい。
また、平成12年度には2つの研究室からBACライブラリーの使用を要請され、スクリーニング用の高密度レプリカメンブレンを譲渡した。平成11年度中に譲渡した研究室からもクローンの請求を受け、2つの研究室に、あわせて30あまりのBACクローンを供給した。

Research Products

• [Publications] The chromosome 21 mapping and sequencing consortium.: "The DNA sequence of human chromosome 21."Nature. 405. 311-319 (2000)
• [Publications] Scott HS et al.: "Insertion of beta-satellite repeats identifies a transmembrane protease causing both congenital and childhood onset autosomal recessive deafness."Nature Genetics. 27. 59-63 (2001)
• [Publications] Internation Human Genome Sequencing Consortium: "Initial sequencing and analysis of the human genome."Nature. 409. 860-921 (2001)
• [Publications] International Human Genome Mapping Consortium: "A physical map of the human genome、"Nature. 409. 934-940 (2001)