メダカ高密度ゲノムマッピングのためのSSLPmarker単離

2000 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 11236210
• Research Institution: Hokkaido University
• Principal Investigator: 田中 実 北海道大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (80202175)
• Keywords: メダカ / マイクロサテライト / SSLP / 染色体地図 / ゲノム解析 / マッピング / CAリピート / タイピング

Research Abstract

近交系HNIのゲノムを500bp程度に断片化し、プラスミドに組み込むことでミニゲノムライブラリーを作成した。合成microsatelliteをプローブとしてこのミニゲノムライブラリーをスクリーニングし、microsatelliteをもつクローンを単離し、塩基配列を決定した。次にmicrosatelliteを挟む蛍光標識プライマーペアを作成し、近交系HNI,,AA2,交雑個体F1から抽出したDNAに対してPCRを行い、キャピラリー電気泳動によって長さに多型の見い出されるプライマーペアを選抜している。この選抜されたプライマーペアを用い、バッククロスパネルに使われた各個体に対してPCRとキャピラリー電気泳動を用いてAA2バッククロス個体のGenotypingをおこなっている。現在平均月40のPCR primerの産生を行っている。このタイピングデータを用いて、東大との研究班との共同でメダカ染色体上にマップを行い、染色体地図のhigh density化を行っている。HNIに対するバッククロスパネルができ次第(或いはゲノムDNAが抽出され次第)、東大からこれらの提供を受けてそれらのタイピング並びにマッピングを行っていく予定である。
また東大研究班から送られてくる数千のESTの塩基配列決定をキャピラリー電気泳動装置を用いて行い、ESTプロジェクトに対しても大きく寄与している。

Research Products

• [Publications] M.Tanaka: "Establishment of medaka (Oryzias latipes) transgenic lines with the expression of GFP fluorescence exclusively in germ cells"Proceeding of National Academy of Science USA. 98. 2544-2549 (2001)
• [Publications] 木下政人: "トランスジェニックフィッシュ系統の作出とプロモーター解析"蛋白質核酸酵素 増刊 小型魚類研究の新展開. 45. 2954-2961 (2000)