メダカBACクローン末端配列の高密度ゲノムマッピング

2002 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 11236210
• Research Institution: Hokkaido University
• Principal Investigator: 田中 実 北海道大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (80202175)
• Keywords: ゲノム / マッピング / メダカ / EST / BAC / 生殖腺 / 性

Research Abstract

メダカゲノム上への高密度BACマッピングを行うために、メダカHN1系統の約1000に及ぶBAC末端配列から100. 300bpの断片を増幅できるような蛍光プライマーを作製、断片長の多型の有無をAA2系統と比較した。その結果約40%が多型を示していた。これら多型を示すプライマー約300セットを用いて雌雄別のHN1/AA2のダイビングパネルを用いて、ダイビングを行った。現在そのダイビング結果を用いてゲノム上へのマッピングを行っている。以前との結果をあわせて数百のBACがメダカ連鎖地図にマップされることになり、メダカホールゲノムショットガンによる全塩基配列決定やポジショナルクローニングのために基盤整備に大きく貢献している。
またメダカ各種臓器から単離したcDNA約10,000に及ぶ塩基配列を決定しEST解析を行った。この部についてはゲノムのダイビングと同様にプライマーを設計してマッピングを行った。生殖腺形成の細胞数個からcDNAを作成する技術を確立し、そこからも約5000のEST塩基配列の決定と解析を行い、細胞ごとのプロファイリングを作製した。

Research Products

• [Publications] Tanaka, M., Nakajin, S., Kobayashi, D., Fukada, S., Guan, G.: "Teleost ovarian carbonyl reductase-like 20β-hydroxysteroid dehydrogenase : potential role in the production of maturation-inducing hormone during final oocyte maturation"Biol. Reprod.. 66. 1498-1504 (2002)
• [Publications] Okubo, K., Mitani, H., Naruse, K., Kondo, M., Tanaka, M.: "Conserved physical linkage of GnRH-R and RBM8 in the medaka and human genome"Biochem. Biophysic. Res. Com.. 293. 327-331 (2002)
• [Publications] Yokoi, H., Kobayashi, T., Tanaka, M., Nagahama, Y., Wakamatsu, Y.: "Sox9 in a teleost fish, medaka (Oryzias latipes) : evidence for diversified function of sox9 in gonad differentiation"Mol. Reprod. Develop.. 63. 5-16 (2002)
• [Publications] Kondo, M, Froschauer, A, Kitano, A, Nanda, I, Tanaka, M.: "Molecular cloning and characterization of DMRT genes from the medaka Oryzias latipes and the platyfish Xiphophorus maculatus"Gene. 295. 213-222 (2002)
• [Publications] Kinoshita, M, Tanaka, M: ""Aquatic Genomics -Steps Towards a Great Future". Transgenic medaka as a model for fish biology and aquaculture"In N. Shimizu, T. Aoki I Hirono and F. Takashima (eds.). 320-328 (2003)