2001 Fiscal Year Annual Research Report
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11354011
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| Research Institution | Natiomal Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (30192587)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
植田 信太郎 東京大学, 大学院・理学系研究科, 助教授 (20143357)
五條堀 孝 生命情報, DDBJ研究センター, 教授 (50162136)
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| Keywords | ヒト化 / 類人猿 / ゲノム / 遺伝子 / 進化 / Silver |
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| Research Abstract |
本研究では、ヒト化を特徴づける遺伝子の変化を発見することを目的として、系統的にヒトに近縁な類人猿,特にチンパンジー(chimpanzee)、ゴリラ(gorilla)、オランウータン(orangutan)}の遺伝子の塩基配列の大規模比較を行なった。大規模比較のために必要なライブラリーをゴリラに関して整備した.肝臓組織から精製したDNAを用いて,ゴリラゲノムの3.5倍をカバーする平均長41kbのフォスミドDNAライブラリーを構築した.このゴリラフォスミドライブラリーをPCRスクリーニングして,HoxAクラスターの全領域をカバーするフォスミドクローンを得,ショットガンシーケンス法を用いてほぼl00kbにおよぶ塩基配列をゴリラで決定した。この大規模解析のために,ヒトゲノムの配列とゴリラのショットガン配列を効率よく比較することのできるソフトウェアSMAPのプロトタイプを開発した.
また,昨年に引き続き,ヒトと類人猿の塩基配列比較データベースの作成を行なっている。これらは類人猿ゲノム計画Silverのホームページ(http://sayer.lab.nig.ac.jP/〜silver/index.html)ですでに部分的に公開している。一方類人猿の種内変異の探索も重要なので,チンパンジーについては三和化学研究所熊本霊長類パークと共同研究で血液資料の提供を受け,DNAを抽出して,mtDNAやABO式血液型遺伝子を中心にいくつかの遺伝子の塩基配列決定を行なっている。
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[Publications] Noda R.: "Mitochondrial 168 rRNA sequence diversity of hominoids"Journal of Heredity. (in press).
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[Publications] Fujiyama A.: "Construction and Analysis of a Human-Chimpanzee Comparative Clone Map"Science. 295・5552. 131-134 (2002)
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[Publications] Osawa M.: "Haplotype analysis of human alpha2-HS glycoprotein (fetuin)"Annals of Human Genetics. 65・1. 27-34 (2001)
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[Publications] Sanders Alan R.: "Genetic Diversity of the Human Serotonin Receptor 1B (HTR1B) Gene"Genomics. 72. 1-14 (2001)
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[Publications] Niimura, Y.: "In silico chromosome staining : Reconstruction of giemsa bands from the whole human genome sequence"Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.. 99・2. 797-802 (2002)
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[Publications] Suzuki, Y.: "ADAPTSITE : detecting natural selection at single amino acid sites"Bioinformatics. 17・7. 660-661 (2001)
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[Publications] 斎藤成也: "中山書店"ヒトにいたるゲノム進化. 榊佳之・小原雄治編『ゲノムから個体へ』. 330 (2001)
