2001 Fiscal Year Annual Research Report
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11358012
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| Research Institution | Yokohama City University |
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Principal Investigator |
西村 善文 横浜市立大学, 大学院・総合理学研究科, 教授 (70107390)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
鈴木 榮一郎 味の素(株), 中央研究所・分析研究部, 主席研究員
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| Keywords | テロメア結合タンパク質 / DNA結合ドメイン / 表面構造 / hTRF1 / Myb / hRap1 / NMR / 転写因子 |
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| Research Abstract |
転写因子などのDNA結合タンパク質に結合する薬物の候補化合物を検索するために新しいシステムを開発した。本システムはDNA結合タンパク質同定装置とタンパク質回収フロー型自動NMR装置から構成される。DNA結合タンパク質同定装置は二重鎖DNAチップで構成されている。DNA結合タンパク質がトラップできるようなオリゴ2重鎖DNAを固定化し固定化したDNAに結合するタンパク質を同定する方法を新たに開発した。6塩基程度の配列を含んだオリゴ2重鎖DNAを化学合成し化学合成DNA末端を修飾して固定化できるようにする。相補鎖DNAを流しオリゴ2重鎖DNAを作成する。タンパク質が結合したDNAを選択的に検出した。現在c-MybのPNA結合ドメイン、ヒトテロメアDNA結合タンパク質のTRF2で結合実験を確認した。さらに同定したDNA結合タンパク質をNMR用に大量に発現させNMR測定が可能な試料を大量に調製する。そのタンパク質を対象にタンパク質回収フロー型自動NMR装置によりタンパク質に結合する低分子化合物を同定する。さらにテロメアタンパク質のTRF1のMybドメインとテロメアDNAとの複合体の構造とTRF2に結合するhRap1のMybドメインの立体構造をNMRで解析した。TRF1のMybドメインのDNAと相互作用する部分は、3番目の認識ヘリックスとフレキシブルァームと呼ばれるN末端領域である。またhRap1のMyb様モチーフの構造解析の結果今までのMyb様モチーフのフォールドと全く同じフォールドであったが明らかに表面構造が異なっていてDNAとは特異的に結合しない表面であった。
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Research Products
(4 results)
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[Publications] Hanaoka, S.: "NMR structure of the hRap1 Myb motif reveals a canonical three helix bundle lacking the positive surface charge typical of Myb DNA binding domains"J. Mol. Biol.. 312. 167-175 (2001)
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[Publications] Nishikawa, T.: "Solution Structure of a Telomeric DNA Complex of Human TRF1"Structure. 9. 1237-1251 (2001)
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[Publications] 西村善文(分担執筆): "ここまで判った形づくりのシグナル伝達 (竹縄忠臣, 帯刀益夫 編、p.72-81)"羊土社. 278 (2002)
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[Publications] 西村善文(分担執筆): "基礎生化学実験法第3巻タンパク質I検出・構造解析法 (日本生化学会編、p.203-226)"東京化学同人. 282 (2001)
