2000 Fiscal Year Annual Research Report
16S rRNA遺伝子を用いる海洋微生物コミュニティーの非培養解析
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11460085
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| Research Institution | UNIVERSITY OF TOKYO |
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Principal Investigator |
大和田 紘一 東京大学, 海洋研究所, 教授 (30013585)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
和田 実 東京大学, 海洋研究所, 助手 (70292860)
西村 昌彦 東京大学, 海洋研究所, 助手 (10242174)
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| Keywords | 多様性 / 海底堆積物 / 非培養解析 / 16S rRNA / 微生物コミュニティー |
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| Research Abstract |
平成10年度に白鳳丸航海の際にマリアナ海溝、伊豆小笠原海溝など8,000mを越す深海から採取された堆積物も冷凍保管されている。さらに今年度は白鳳丸による南太平洋、や淡青丸による伊豆小笠原海溝の堆積物も採取した。現場サンプルから直接抽出したDNAをTGGE法あるいはDGGE法によりアガロースゲル上に展開し、そこで得られたバンドに関し、遺伝的多様性解析システムを用いて解析した。その中では試料によって共通のバンドや共通性のないバンドに関し解析すると同時にそれらのシークエンスを調べ、これまでに得られているデータベースとコンピュータを通じてダイレクトに比較できるのが、新しく購入する遺伝的多様性解析システムの強みである。また、16SリボソームのRNA塩基配列のみでなく、キノンを用いる微生物群集解析に関しても並行して行い、両者を比較した。沿岸の堆積物に関しては、かなりの成果が得られたが、外洋の堆積物に関しての研究はまだまとまらなかった。
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[Publications] Urakawa,H.,T.Yoshida,M.Nishimura and K.Ohwada: "Characterization of depth-ralated population variation in microbial communities of a coastal marine sediment using 16S eDNA based……"Environmental Microbiology. 2(5). 542-554 (2000)
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[Publications] Urakawa,H.,K.Kita-Tsukamoto and K.Ohwada: "Microbial diversity in marine sediments from Sagami Bay and Tokyo Bay, Japan, as determined by 16S rRNA gene analysis."Microbioilogy. 145. 3305-3315 (1999)
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[Publications] 浦川秀敏,塚本久美子,大和田紘一: "16S rDNA遺伝子を用いた海洋堆積物における微生物コミュニティーの解析"海洋. 29(12). 750-758 (1999)
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[Publications] 浦川秀敏,大和田紘一: "核酸を用いた培養に依存しない微生物群集解析手法"海洋-号外. 23. 176-182 (2000)
