2000 Fiscal Year Annual Research Report

転写開始過程におけるσ因子の動態

Research Project

Project/Area Number	11680617
Research Institution	National Institute of Genetics
Principal Investigator	藤田信之国立遺伝学研究所, 分子遺伝研究部門, 助手 (90173434)
Keywords	RNAポリメラーゼ / 転写 / σ因子 / 大腸菌
Research Abstract	RNAポリメラーゼのσサブユニットは、RNAポリメラーゼによるプロモーターの認識と、転写開始点付近のDNA二重鎖の開裂に中心的な役割を果たすと考えられている。大腸菌における主要σであるσ70、終止期特異的に働くσ38、窒素代謝関連遺伝子の発現に働くσ54の3種のσ因子を対象に、分子上の様々な位置に1個のみシステイン残基を持つ変異体をそれぞれ12種類、9種類、5種類作成した。システイン特異的な修飾反応を使って、これらのσ変異体のそれぞれにペプチド鎖・ヌクレオチド鎖切断活性を持つ鉄・EDTA誘導体を導入した。ホロ酵素を再構成したのち、切断反応を行なって、RNAポリメラーゼのβ、β'サブユニット上の切断位置を同定した。また、DNAを加えて転写開始複合体を形成させたのちに切断反応を行ない、鋳型DNAの切断位置を調べた。その結果から、3種類のσ因子がコア酵素上のほぼ同一の領域と接触していること、転写開始複合体中でのσ因子の配向が互いによく似ていることが示された。特にσ54は一次構造上は他のσ因子と全く似ていないにもかかわらず、高次構造およびコア酵素やプロモーターDNAとの結合様式が他のσと類似していることを示唆している点で興味深い。 σ70の保存領域のうち機能がわかっていない4.1領域に注目し、保存性の高いアミノ酸をAlaに置換した変異体11種を作成して、in vitro転写およびDNaseIフットプリンティングによる解析を行なった。また、529番め以降のアミノ酸配列を持つC末端フラグメントに同じ11種類の変異を導入して、N末端フラグメントとの相補性に与える影響を調べた。それらの結果から、4.1領域はプロモーターの認識に直接関わってはいないものの、4.1領域上のいくつかのアミノ酸残基が、σの4.2領域とプロモーターの-35配列との正確な配向を決めるのに重要な役割を果たしていることが示唆された。

Research Products

(6 results)

All Other

All Publications (6 results)

[Publications] Colland,F.: "Positioning of σS, the stationary phase σ factor, in Escherichia coli RNA polymerase-promoter open complexes."EMBO J.. 18. 4049-4059 (1999)
[Publications] Bown,J.A.: "Organization of open complexes at Escherichia coli promoters.Location of promoter DNA sites close to region 2.5 of the σ70 subunit of RNA polymerase."J.Biol.Chem.. 274. 2263-2270 (1999)
[Publications] Ohnuma,M: "A carboxy-terminal 16-amino-acid region of σ38 of Escherichia coli is important for transcription under high-salt conditions and σ activities in vivo."J.Bacteriaol.. 182. 4628-4631 (2000)
[Publications] Maeda,H.: "Competition among seven Escherichia coli sigma sbunits : relative binding affinities to the core RNA polymerase."Nucleic Acids Res.. 28. 3497-3503 (2000)
[Publications] Wigneshweraraj,S.R.: "Conservation of sigma-core RNA polymerase proximity relationships between the enhancer-independent and enhancer-dependent sigma classes."EMBO J.. 19. 3038-3048 (2000)
[Publications] Maeda,H.: "Two extracytoplasmic function sigma subunits, E and Fecl, of Escherichia coli : Promoter selectivity and intracellular levels. "J.Bacteriol.. 182. 1181-1184 (2000)

2000 Fiscal Year Annual Research Report

転写開始過程におけるσ因子の動態

Principal Investigator

藤田 信之 国立遺伝学研究所, 分子遺伝研究部門, 助手 (90173434)

Research Products

[Publications] Colland,F.: "Positioning of σS, the stationary phase σ factor, in Escherichia coli RNA polymerase-promoter open complexes."EMBO J.. 18. 4049-4059 (1999)

[Publications] Bown,J.A.: "Organization of open complexes at Escherichia coli promoters.Location of promoter DNA sites close to region 2.5 of the σ70 subunit of RNA polymerase."J.Biol.Chem.. 274. 2263-2270 (1999)

[Publications] Ohnuma,M: "A carboxy-terminal 16-amino-acid region of σ38 of Escherichia coli is important for transcription under high-salt conditions and σ activities in vivo."J.Bacteriaol.. 182. 4628-4631 (2000)

[Publications] Maeda,H.: "Competition among seven Escherichia coli sigma sbunits : relative binding affinities to the core RNA polymerase."Nucleic Acids Res.. 28. 3497-3503 (2000)

[Publications] Wigneshweraraj,S.R.: "Conservation of sigma-core RNA polymerase proximity relationships between the enhancer-independent and enhancer-dependent sigma classes."EMBO J.. 19. 3038-3048 (2000)

[Publications] Maeda,H.: "Two extracytoplasmic function sigma subunits, E and Fecl, of Escherichia coli : Promoter selectivity and intracellular levels. "J.Bacteriol.. 182. 1181-1184 (2000)

藤田信之国立遺伝学研究所, 分子遺伝研究部門, 助手 (90173434)