マイクロアレイ法による遺伝性対側性色素異常症の発症機序に関わる遺伝子の解明

2000 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 11770455
• Research Institution: Nagoya University
• Principal Investigator: 宮村 佳典 名古屋大学, 医学部, 助手 (50272034)
• Keywords: 連鎖解析 / 遺伝性対側性色素異常症 / ハプロタイプ解析 / ゲノムプロジェクト / DNAマーカー

Research Abstract

遺伝性対側性色素異常症の原因遺伝子候補領域はこれまでに連鎖解析法によりを数cMの距離にまで絞り込まれていたが、近傍の組み換え情報を得られるマーカーの数が不足していたため、原因遺伝子特定するまでに至らなかった。このためマイクロアレイによる遺伝子プロファイリングを用いていわば、別方向からの原因遺伝子の推定を行おうとしていた。しかし、本研究期間中にゲノムプロジェクトにより95%のドラフト配列が明らかにされ、また詳細な物理地図も作製された。公開された物理地図やドラフト配列から、有用なDNAマーカーが得られ、マイクロアレイによる発現解析よりも直接的に原因遺伝子を特定することができるようになったため、DNAマーカーと物理地図を用いての原因遺伝子座位の詳細な解析をまず行い、原因遺伝子を特定した後にマイクロアレイによる発現解析を行うことにした。遺伝性対側性色素異常症の家系構成員3家系83人のうち、これまでの連鎖解析とハプロタイプ解析から候補領域を狭めるのに有効な組み換え情報が得られると考えられる17人を対象に、データベースから得られた配列に基づいてマーカーを作製し、疾患とマーカーとの組み換えの有無を調べた。その結果、数cMの候補領域は物理的距離にして約12Mbに及ぶ事がわかった。その後さらにデータベースの配列から作製したマーカーおよび、患者家系の候補領域の遺伝子において自ら発見したSNPを用いてハプロタイプ解析を行ったところ、候補領域を約3Mbに絞り込むことができた。現在、候補領域で疾患と関連のありそうな遺伝子の変異を解析中である。