複雑系としての生命システムの解析

1999 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 11CE2006
• Research Category: Grant-in-Aid for COE Research
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 金子 邦彦 東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (30177513)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 四方 哲也 大阪大学, 工学部, 助教授 (00222399) ; 菅原 正 東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (50124219) ; 浅島 誠 東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (00090564) ; 川戸 佳 東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (50169736) ; 安田 賢二 東京大学, 大学院・総合文化研究科, 助教授 (20313158)
• Keywords: 発生 / 分化 / 進化 / 構成的生物学 / 複雑系 / 力学系 / 細胞質記憶 / 人工細胞システム

Research Abstract

化学反応系からの複製系の構築、細胞集団の分化、アクチビンによりコントロールされた発生過程の解析、粘菌と大腸菌の共生などの実験を進めるとともに、構成的手法の基盤としてのマイクロファブリケーション設備の立ち上げをおこなった。一方、発生、進化をあるクラスの力学系の普遍的性質として捉える立場からの理論を進めた。各班での進展状況は以下の通りである。(相互に関係しているが便宜上分けて書く)。
*人工複製系構築班
構成的手法により、細胞システム、反応複製系の実験を行ない、特に化学反応系からの増殖、複製、分化機構の創出の実験を進めている。
まず、四方らはDNAを用いた試験管内自己複製系を用い、その再帰的な増殖の出現、そして進化過程を調べた。特に、遺伝子が多くあると、かえって進化性が失われることを明らかにし、そこから情報をになう分子の起源についての実験的解明を行った。これにともない、四方と金子は複製系での情報を担う分子の出現に対する理論を構築している。
ついで、こうした構成的手法の研究をより一般的に進めていくには細胞集団やリポソームの集団をこちらの設定した条件に追いこむための基板が自由にできるのが理想であり、そのための微細加工施設の建設を安田は進めた。既に、神経細胞などをおくための基板の試作品は完成した。その一方でリポソームを合成しつつ電場により集積する基板を完成させた。菅原らの構成した反応合成系と組み合わせて、リポソームの複製実験を始めている。これにはインジェクション装置も組み込んであり、そこに四方らによる反応系を注入する準備を整えた。
一方で、池上らは理論モデルにより、膜を持った細胞要素の形成過程を追っている。また、上の実験に将来対応するであろう反応増殖系の理論解析は金子らにより行われており、同一の細胞がカオス的な反応を持つと分化し、その細胞集団が空間パタンをつくりながら増殖していくことが見出された。今後上のリポソーム実験の進展によって人工的な細胞集団系の構築を目指す際のてがかりを与えている。
*発生過程制御班
浅島らはアニマルキャップといわれる未分化の細胞が、アクチビン分子の濃度の違いにより心筋、脊索、骨格筋などに分化することに既に成功していたが、アクチビン処理したアニマルキャップを時間差をおいて、RA(レチノイン酸)処理することによって、新しい臓器(器官)をつくることに成功した。これは、2つの物質の同時処理と時間差処理では細胞内の記憶に変化が起こることを示しており、理論的に考えられていた細胞内のダイナミクスによる記憶、履歴現象と将来関連しうる結果である。さらに、こうした発生過程での分化と理論での分化ダイナミクスとの対応を考えるには、細胞の性質をセル・ソーター(フローサイトメトリー)により定量的に分離し、細胞内部のダイナミクスや細胞の性質の分布がどう変化して行くかを定量的に追えばよい。そこで、セルソーターを導入し、川戸らと協力して蛍光をつけたデキストランと未処理のもののアニマルキャップの細胞を混合してセル・ソーターにかけて、細胞の分離条件の検討を行った。
一方、四方らは粘菌と大腸菌がある場合に共生関係をつくることを見出していたが、この共生関係が世代を超えて伝わることを明らかにし、その系の時間変化の検討を行っている。これにより、粘菌と大腸菌の共生体がどのような発生過程を持ちうるかの研究を始めている。
理論グループでは、細胞集団の発生過程の理論、シミュレーションを進めた。あるクラスの力学系の振る舞いとして、幹細胞からの確率的分化の機構を与え、細胞が全能性を失い順次決定されていく段階を理論的に明らかにした。また、そのような分化ダイナミクスが生じると細胞が集団として増殖できることを示し、その理由を求めている。このような「理想細胞系」での不可逆な分化は力学系として普遍的に理解されるべきものであるが、その理論は現在模索中である。その点に関連して、佐々らはハミルトン力学系の操作に対する不可逆性の一般理論を提出している。
また、金子と四方は、相互作用による表現型の分化が遺伝型の進化を促すという種分化の理論を提示した。これは実験室で検証可能であり、大腸菌を用いた検証を検討している。
*動的生命解析班
細胞の持つダイナミックなメモリー構造の探索を目指し、準備を進めている。安田らは、心筋培養細胞系の準備を整え、細胞質ヒステリシスの検討を始めている。
一方、測定装置としては局所フラッシュフォトリシス実験装置を製作中、また画像解析データをもとにフィードバック制御を行うための基幹装置としての画像処理システムを立ち上げた。
川戸らは3次元リアルタイム共焦点顕微鏡の開発を行ない、これを用いて浅島らによるアニマルキャップ細胞のCa信号を測定し、今後の発生過程のダイナミクスの研究の準備を行なった。

Research Products

• [Publications] K.Kaneko 他1名: "Isologous Diversification for Robust Development of Cell Society"J.Theor.Biol.. 199. 243-256 (1999)
• [Publications] K.Fujimoto 他1名: "Noise Induced Boundary Dependence through Convective Instability"Physica D. 129. 203-222 (1999)
• [Publications] N.Kataoka 他1名: "Functional Dynamics I"Physica D,. (in press).
• [Publications] N.Nakagawa 他1名: "Energy Storage in a Hamiltonian System in Partial Contact with a Heat Bath"J.Phys.Soc.Japan,. (in press).
• [Publications] K.Kaneko 他1名: "Robust and Irreversible Development in Cell Society as a General Consequence of Intra-Inter Dynamics"Physica A,. (in press).
• [Publications] 金子邦彦: "複雑系生命科学の構築にむけて(1)"パリティ. 15-01. 4-11 (2000)
• [Publications] 金子邦彦: "複雑系生命科学の構築にむけて(2)"パリティ. 15-02. 4-11 (2000)
• [Publications] 金子邦彦: "複雑系生命科学の構築にむけて(3)"パリティ. 15-03. 21-25 (2000)
• [Publications] 金子邦彦: "複雑系生命科学の問題"数理科学. 441. 28-36 (2000)
• [Publications] E.Akiyama 他1名: "Dynamical Systems Game Theory and Dynamics of Games"Physica D,. (in press).
• [Publications] Chan,T. 他2名: "A Model system for Organ Engineering : Transplantation of in vitro Induced Embryonic Kidney"Natur wissenschaften. 86. 224-227 (1999)
• [Publications] Tamai,K. 他3名: "Cytochalasin B inhibits morphogenetic movement and muscle differentiation of activin-treated ectoderm in Xenopus"Develop.Growth Differ.. 41. 41-49 (1999)
• [Publications] Furue,M. 他5名: "Effects of hepatocyte growth factor (HGF) and activin A on the morphogenesis of rat submandibular glandderived epithelial cells in serum-free collagen gel culture"Vitro Cellular & Developmental Biology Animal. 35. 131-135 (1999)
• [Publications] Ninomiya,H. 他4名: "Endoderm differentiation and inductive effect of activin-treated ectoderm in Xenopus"Develop.Growth Differ.. 41. 391-400 (1999)
• [Publications] Moriya,N. 他2名: "In vitro organogenesis of pancreas in Xenopus laevis dorsal lips treated with retinoic acid"Develop.Growth Differ.. (1999)
• [Publications] Yomo,T. 他2名: "Gradual development of protein-like global structures through functional selection"nature structural biology. Vol.6 No.8. 743-746 (1999)
• [Publications] Sugawara,T.: "Manipulating Spin System"Mol.Cryst.Liq.Cryst.. 334. 257-273 (1999)
• [Publications] Sugawara,T. 他1名: "Tautomerism in the Solid State"Adv.in Phys.Org.Chem.. 32. 219-265 (1999)
• [Publications] Wakabayashi,S. 他6名: "Self-Assembly of 3-[4'-(Diethylboryl) phenyl] pyridine and 3-[3'-(Diethylboryl) phenyl]-pyridine : Synghesis, Structural Features, and Stability in Solution."J.Org.Chem.. 64(19). 6999-7008 (1999)
• [Publications] Ikeda,S. 他3名: "Remarkable Effect of Acceptors on Pyrene-Sensitized Decomposition of N-Phenylglycine."Chem.Lett.. 10. 1009-1010 (1999)
• [Publications] Susumu,k. 他3名: "Synthesis and Photophysical Properties of "Center-to-Edge" type Phosphorus (V) Porphyrin Arrays."J.Chem.Soc.,Perkin Trans.. 2. 1521-1530 (1999)
• [Publications] Hirakawa,K. 他1名: "Excitation Transfer and Photo-induced Electron Transfer in Axial Bispyrenyl Phosphorus Porphyrin Derivatives : Factors Governing the Competition between Energy and Electron Transfer Processes under the Existence of Intramolecular p-p Interaction."J.Photochem.Photobiol.. A,123. 67-76 (1999)
• [Publications] K.Okano 他2名: "Position specific release of DNA from a chip by using photothermal denaturation."Sensors and Actuators B. (in press.).
• [Publications] K.Yasuda.: "Non-destructive, non-contact handling method for Biomaterials in micro-chamber by ultrasound."Sensors and Actuators B.. (in press.).
• [Publications] K.Yasuda 他2名: "Focal extraction of surface-bound DNAs from a microchip using photo-thermal denaturation."BioTechniques,. (in press.).
• [Publications] K.Okano 他2名: "Release of specific DNAs from a DNA chip by using photothermal denaturation."The 10th international conference on solid-state sensors and actuators (Transducers '99), digest of technical papers (Sendai, Japan, June 7-10,). 1722-1725 (1999)
• [Publications] K.Yasuda: "Non-contact handling of biomaterials in microchamber using ultrasound."The 10th international conference on solid-state sensors and actuators (Transducers '99), digest of technical papers (Sendai, Japan, June 7-10,).. 128-129 (1999)
• [Publications] Yamada,M. 他5名: "Dynamic mobility of genetically expressed fusion protein between cytochrome P4501A1 and NADPH-cytochrome P450 reductase in yeast microsomes"Biochemistry. 38. 9465-9470 (1999)
• [Publications] Suzuki-Tomii,K 他3名: "Comparative experiments of protein denaturation for studying structural difference of homologous membrane proteins : P-450scc and P-45011β"Jpn.J.Appl.Phys.. 38. 298-301 (1999)
• [Publications] Ichikawa,T. 他5名: "Digital fluorescence imaging of trafficking of endosomes containing low density lipoprotein in brain astroglial cells"Biochem.Biophys.Res.Commun.. 269. 25-30 (2000)
• [Publications] Mukai,H. 他2名: "Effects of neurosteroids on Ca2+ signaling mediated by recombinant NMDA receptor expressed in CHO cells"Neurosci.Lett.. (in press).
• [Publications] 山田慎 他3名: "エンドソームによる脂質の細胞内輸送の可視化"蛋白質核酸酵素 増刊号「脂質の分子生物学と病態生化学」. 44-8. 1227-1233 (1999)
• [Publications] Kimoto,T. 他4名: "Localization of functional neurosteroidogenic system in hippocampal neurons"Molocular Steroidogenesis, Universal Academy Press. 385-388 (2000)
• [Publications] Yamada,M. 他3名: "Fluorescence analysis for regulation of cytochrome P450scc activity on steroidogenic stimulation in adrenocortical cells"Molocular Steroidogenesis. 393-396 (2000)
• [Publications] Ichikawa,T. 他4名: "ACTH facilitates the intracellular transport of low density lipoprotein in bovine adrenocortical cells"Molocular Steroidogenesis. 273-274 (2000)
• [Publications] Takata,N. 他6名: "Steroids potentiate nitric oxide production in rat hippocampal CA1 region : real-time fluorescence microscopic imaging"Molocular Steroidogenesis. 407-408 (2000)
• [Publications] Takahashi,T. 他3名: "Corticosterone prolonged NMDA-induced Ca2+ signaling in rat hippocampal neurons"Molocular Steroidogenesis. 409-412 (2000)
• [Publications] Ikegami,T.: "Evolvability of Machines and Tapes"J.Artificial Life and Robotics. Vol.3 No.4. 242-245 (2000)
• [Publications] Ikegami,T. 他1名: "Imitation and Cooperation in Coupled Dynamical Recognizers (eds.Floreano,D.et al.)"Advances in Artificial Life (Springer-Verlag). 545-554 (1999)
• [Publications] Taiji,M. 他1名: "Dynamics of internal models in game players"Physica D. 134. 253-266 (1999)
• [Publications] Harada,K. 他1名: "Evolution of Multispecificity in an Immune Network (eds.Floreano,D.et al.)"Advances in Artificial Life (Springer-Verlag). 427-431 (1999)
• [Publications] Ono,N. 他1名: "Model of Self-Replicating Cell Capable of Self-Maintenance (eds.Floreano,D.et al.)"Advances in Artificial Life (Springer-Verlag). 399-406 (1999)
• [Publications] Sato,Y. 他1名: "Undecidability of the Imitation Game (eds.Dautenhahn et al.)"Imitation in Animals and Artifacts in the Proceedings of the AISB '99 Symposium (publ.The society for the study of Artificial Intelligence and Simulation Behavior). 157-159 (1999)
• [Publications] 池上高志: "人工生命-来るべき世界-"計測と制御. 38(10). 636-640 (1999)
• [Publications] 池上高志: "ゲームでみる生命の複雑さの理論"ゲーム(東京大学出版会). 105-144 (1999)
• [Publications] S.Sasa 他1名: "Thermodynamic Irreversibility from high-dimensional Hamiltonian Chaos"Prog.Theor.Phys.. 103. 1-52 (2000)
• [Publications] 立花隆: "100億年の旅.2 宇宙・地球・生命・脳-その原理を求めて 標題 「進化」を実験室で確かめる"朝日新聞社. 200-216 (1999)
• [Publications] 平野勝巳: "生きてゆくためのサイエンス-生命論パラダイムの現在 標題 生物は淘汰されず、共存する-実験進化論"人文書院. 61-79 (1999)
• [Publications] 井川洋二: "続ロマンチックな科学者 標題 創ってわかる生物学-生物らしさを求めて"株式会社 羊土社. (2000)