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2011 Fiscal Year Annual Research Report

新規リボソーマルRNA修飾の同定および機能解析

Research Project

Project/Area Number 11J09964
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

木村 聡  東京大学, 大学院・工学系研究科, 特別研究員(DC2)

Keywordsリボソーム / RNA修飾 / ヒドロキシル化
Research Abstract

生物において、メッセンジャーRNA上に存在する遺伝情報から生理活性を有するタンパク質を合成する過程(翻訳過程)が正しく行われることは生命活動を維持するために必須である。タンパク質の合成はリボソーマルRNA(rRNA)と呼ばれるRNAとリボソーマルタンパク質からなるリボソームと呼ばれる細胞内顆粒構造体によって担われているが、その生合成、翻訳機能の効率や正確性は様々な因子による調整機構により担保されていると考えられている。本研究ではそのような調整機構のなかでもrRNAの転写後修飾に着目した。原核生物のモデル生物である大腸菌の23SrRNAのペプチド反応を触媒する活性中心近傍には化学構造が未同定なシチジンの誘導体が存在している。この修飾シチジンは大腸菌の生育段階においてその修飾率が変化することから、生育環境依存的なリボソーム機能の調節を担っていることが示唆されている。しかし、この修飾塩基は構造をはじめ、その生合成遺伝子および機能はほとんど不明であった。そこで本研究ではその化学構造を明らかにすると同時に、生合成機構およびその機能を明らかにすることで新たなリボソーム機能の調節機構の提唱をめざし研究を行っている。
当該年度の研究により、まず新規rRNA修飾の化学構造が、シチジンの5位にヒドロキシル基が付加された5-ヒドロキシシチジン(ho5C)であることを突き止めた。この結果は当初の目的のうちの一つである化学構造の同定を達成したことを意味している。次にho5Cの生合成に関わる遺伝子を探索したところ、r1hAという遺伝子を同定した。またこの遺伝子がコードするR1hAはリボソームの生合成中間体の画分に存在することを見出した。このことはR1hAが23SrRNAに直接ヒドロキシル基を導入する酵素であることを示唆している。以上の結果から当該年度の研究によって新規rRNA修飾の構造、および生合成経路の一端を明らかとなったといえる。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当該年度の研究により、研究の最初の関門であったrRNA修飾の化学構造の同定およびその生合成遺伝子の同定に成功した。さらにこれら二つの成果は今後の組み換えタンパク質を用いた生合成機構の解析やその遺伝子欠損株を用いた機能解析などを可能にする成果である。そのため目的であった生合成機構と機能を検討する手立てがそろい、今後さらに研究を展開することが可能となったので順調に進展しているといえる。

Strategy for Future Research Activity

今後は新たに同定したRh1Aの組み換えタンパク質を作成、試験管内再構成反応を試みることでRh1Aがヒドロキシル化を担う酵素であることを証明するとともに、その生化学的な酵素反応機構を明らかにしていくことを目指す。またさまざまな条件下においてRh1Aの欠損株の生育やリボソームの機能、生合成を解析することにより、この修飾が生育環境依存的なリボソームの機能調節を行っているという仮説の検証を行っていきたい。

  • Research Products

    (7 results)

All 2012 2011

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (3 results)

  • [Journal Article] Base methylations in the double-stranded RNA by a fused methyltransferase bearing unwinding activity2012

    • Author(s)
      Kimura S., Ikeuchi Y., Kitahara K., Sakaguchi Y., Suzuki T., Suzuki T.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: (掲載確定)(印刷中)

    • DOI

      10.1093/nar/gkr1287

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis of tRNA agmatinylation essential for AUA codon decoding2011

    • Author(s)
      Osawa T., Kimura S., Terasaka N., Inanaga H., Suzuki T.
    • Journal Title

      Nature Structural & Molcular Biology

      Volume: 18 Pages: 1275-1280

    • DOI

      10.1038/nsmb.2144

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biogenesis of 2-agmatinylcytidine catalyzed by the dual protein and RNA kinase TiaS2011

    • Author(s)
      Terasaka N., Kimura S., Osawa T., Numata T., Suzuki T.
    • Journal Title

      Nature Structural & Molecular Biology

      Volume: 18 Pages: 1268-1274

    • DOI

      10.1038/nsmb.2121

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Deficit of tRNA(Lys) modification by Cdkall causes the development of type 2 diabetes in mice2011

    • Author(s)
      Wei FY., Suzuki T., Watanabe S., Kimura S., Kaitsuka T., Fujimura A., Matsui H., Atta M., Michiue H., Fontecave M., Yamagata K., Suzuki T., Tomizawa K.
    • Journal Title

      The Journal of Clinical Investigation

      Volume: 121 Pages: 3598-3608

    • DOI

      10.1172/JCI58056

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] RNAヘリケース活性を有したRlmKLによる23Sr RNAのジメチル化とリボソームの生合成2012

    • Author(s)
      木村聡、池内与志穂、北原圭、坂口裕理子、鈴木健夫、鈴木勉
    • Organizer
      第1回Ribosome meeting
    • Place of Presentation
      広島
    • Year and Date
      20120315-20120316
  • [Presentation] Base methylations in the double-stranded RNA by a fused methyltransferase bearing unwinding activity in ribosome assembly2011

    • Author(s)
      Satoshi Kimura, Yoshiho Ikeuchi, Kei Kitahara, Yuriko Sakaguchi, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜,神奈川県
    • Year and Date
      20111213-20111217
  • [Presentation] Base methylations in the double-stranded RNA by a fused methyltransferase bearing unwinding activity2011

    • Author(s)
      Satoshi Kimura, Yoshiho Ikeuchi, Kei Kitahara, Yuriko Sakaguchi, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      The 16th annual meeting of the RNA society and the RNA society of Japan 13 th annual meeting
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      20110614-20110618

URL: 

Published: 2013-06-26  

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