Microarrayを利用したDNAメチル化のゲノムスキャンニング

2000 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 12024202
• Research Institution: Gunma University
• Principal Investigator: 畑田 出穂 群馬大学, 遺伝子実験施設, 助教授 (50212147)
• Keywords: メチル化 / Microarray / DNAチップ / ゲノム

Research Abstract

DNAのメチル化すなわちシトシンの5位のメチル化による遺伝子発現抑制は発生、分化、癌化、ゲノムインプリンティング、X染色体の不活性化など様々な重要な生物学的現象に関与していることがわかってきている。しかしながらメチル化による制御がどのような遺伝子、細胞、時期に起こっているかを網羅的に解析し、生物学的現象を統合的に理解しようという試みはいまだなされていない。全ゲノムの塩基配列決定が終了しつつある現在、どのようにして特定の細胞で特定の時期に特定の遺伝子にのみに発現が限られ、発生分化が進んでいくかを知ることが次の課題となってきている。従って発生分化の各ステージにおいてメチル化を網羅的に調べ、どのような遺伝子が発現抑制されるかを調べることは重要である。
申請者は以前からゲノムのメチル化の網羅的解析が重要であると考え、以前からゲノムの2次元電気泳動法を用いたRestriction Landmark Genome Scannning法を開発し研究に用いてきた。しかしこの方法は操作が複雑なため汎用性に欠ける欠点があった。そこで申請者、汎用性の高い方法としてDNAチップを用いたメチル化の網羅的解析法を開発を試み成功した。この方法は簡単に述べるとゲノム中のメチル化されているSmaI認識部位のみを増幅、蛍光標識しDNAチップ上に固定したクローン化されたSmaI断片とハイブリダイズすることにより、メチル化されているSmaI認識部位を検出する技術である。これから、この方法を用いて、発生、分化などにおける遺伝子のメチル化の変化を網羅的に解析し、統合的に理解することができる。

Research Products

• [Publications] Schwienbacher C: "Abnormal RNA expression of 11p15 imprinted genes and kidney developmental genes in wilms'tumor"Cancer Res.. 60. 1521-1525 (2000)
• [Publications] Hatada I: "Genomic imprinting and Beckwith-Wiedemann Syndrome"Histol.Histopathol.. 15. 309-312 (2000)