遺伝子系統樹の重層構造によるゲノム進化解析法と生物学的知識自動獲得システムの開発

2000 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 12024229
• Research Institution: National Institute of Genetics
• Principal Investigator: 斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (30192587)
• Keywords: 遺伝子系統樹 / 組織系統樹 / ゲノム / 非コード領域 / 類人猿ゲノム計画 / データベース

Research Abstract

本研究代表者は,平成11年度から科学研究費補助金の基盤A(展開研究)として,研究課題「ヒト化を特徴づける遺伝子変化探索システムの開発」を開始した。これは,すでに配列の決定しているヒトのゲノムデータをもとにしてPCRプライマーをデザインし,それを用いて類人猿の種分化相同な塩基配列を決定し,ヒトの系統でだけ生じた遺伝的変化を大量に決定しようというものである。この研究計画をSilverと命名し,この研究によって決定された塩基配列データをWWW(http://sayer.lab.nig.ac.jp/〜silver/)で公開するシステムの概念構築を行った。データベースの本体は,まず遺伝子名のリストからなり,そのどれかをクリックすると,その遺伝子の詳細な情報を示すページに飛ぶ。そこでは,すでにDDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベースに登録されているヒトの配列を先頭に,Silver計画で決定されたヒトおよび類人猿の配列名が並ぶ。それらのaccession番号をクリックすると,DDBJのデータベースエントリーを参照できる。またその下には,ClustalWで多重整列したヒトと類人猿の配列が表示され,さらに近隣結合法で作成した系統樹が遺伝子ごとに表示される。これら一連のデータ加工は,現在のところはマニュアル操作がかなり入っているが,自動化できるところもあるので,それらについては近い将来,自動化するプログラムを作成する予定である。

Research Products

• [Publications] Kitano T.: "Evolutionary history of the Rh blood group-related genes in vertebrates"Immunogenetics. 51・7. 856-862 (2000)
• [Publications] Kikuchi M.: "CAMUS DB : Development of structural database for homology search"Currents in Computational Molecular Biology In Miyano S.,Shamir R.,and Takagi T.. 80-81 (2000)
• [Publications] Saitou N.: "Programs for constructing phylogenetic trees and networks of closely related sequences"IIAS International Symposium on Biodiversity In Iwatuki.K.(ed.). 45-50 (2000)
• [Publications] 斎藤成也: "ヒトゲノム計画はいま.これまでの経緯とポスト・ヒトゲノム計画への道すじ"化学. 55・4. 12-17 (2000)