2000 Fiscal Year Annual Research Report

マボヤ卵内遺伝情報の網羅的解析による比較ゲノムのための物理遺伝地図の作成

Research Project

Project/Area Number	12202021
Research Institution	Kyoto University
Principal Investigator	真壁和裕京都大学, 大学院・理学研究科, 助手 (60222288)
Keywords	ホヤ / 母性RNA / EST / ゲノム / BAC / 物理地図 / 発現プロファイル / データベース
Research Abstract	脊索動物であるにも関わらずゲノムの重複のないホヤは脊椎動物のゲノムの機能研究の優れたモデル生物だと考えられる。本研究では、実験発生学的知見の最も多いマボヤの母性cDNAの塩基配列及び初期発生過程での発現パターンの解析を行いつつ、その結果を利用してゲノム上に遺伝子をマッピングしていくことでマボヤゲノム全体を俯瞰し、カタユウレイボヤのゲノム構造や発現パターンなどとの比較を可能にすることを目的とする。マボヤ受精卵cDNAのアレイドライブラリーの両側約500bpずつの塩基配列を決定し、約7千クローンの塩基配列の解析によって4千以上の遺伝子が数えられた。ホヤゲノム中には16,000程度の遺伝子がコードされていると推定され、卵内にはその半数弱の遺伝子が発現していると推測されるので、既に約6割の成果を挙げたことになる。発現パターンの解析についても、独自に開発した多検体同時処理可能なWMISH法を駆使して、約3,500クローンの発現プロファイルを収集した。その結果、大多数のものは胚全体に分布するものの,胚前方に隔離されるRNA、主に表皮に分化する動物半球に隔離されていくRNA、動物半球でも前側の細胞だけに局在するRNAや、筋肉や前後軸の形成に関する決定因子のある胚の後極に局在する多数のRNA、逆に後極を含む植物極側後方の細胞以外の細胞に受け継がれていくRNAなどがそれぞれ多数あることが見出された。さらにマボヤ単個体から精子DNAを集め、BACライブラリーを構築した。構築したライブラリーは20ゲノムイクイバレント以上をカバーすると推定される。現在は完成したBACライブラリーを3Dプール化し、次ステップであるマッピングに備えつつある。

Research Products

(6 results)

All Other

All Publications (6 results)

[Publications] Y.Sasakura: "A gene encoding a new ONECUT class homeodomain protein in the ascidian Halocynthia roretzi functions in the differentiation and specification of neural cells in ascidian enbryogenesis"Mechanisms of Development. (in press). (2001)
[Publications] T.Minokawa: "Binary specification of nerve cord and notochord cell fates in ascidian embryos."Developmental Biology. (in press). (2001)
[Publications] M.Ogasawara: "A large-scale whole-mount in situ hybridization system : rapid one-tube preparation of DIG-labeled RNA probes and high throughout hybridization using 96-well silent screen plates"Zoological Science. (in press). (2001)
[Publications] K.Yagi: "Isolation of an early neural maker gene abundantly expressed in the nervous system of the ascidian, Halocynthia roretzi."Development,Genes and Evolution. 211. 49-53 (2001)
[Publications] K.W.Makabe: "Maternal genetic information stored in fortilized eggs of the ascidia,Halocynthia roretzi."Biology of Ascidian. (in press). (2001)
[Publications] Y.Sasakura: "Ascidian Wnt-7 gene is expressed exclusively in the tail neural tube of tailbud embryos."Development,Genes and Evolution. 210. 641-643 (2000)

2000 Fiscal Year Annual Research Report

マボヤ卵内遺伝情報の網羅的解析による比較ゲノムのための物理遺伝地図の作成

Principal Investigator

真壁 和裕 京都大学, 大学院・理学研究科, 助手 (60222288)

Research Products

[Publications] Y.Sasakura: "A gene encoding a new ONECUT class homeodomain protein in the ascidian Halocynthia roretzi functions in the differentiation and specification of neural cells in ascidian enbryogenesis"Mechanisms of Development. (in press). (2001)

[Publications] T.Minokawa: "Binary specification of nerve cord and notochord cell fates in ascidian embryos."Developmental Biology. (in press). (2001)

[Publications] M.Ogasawara: "A large-scale whole-mount in situ hybridization system : rapid one-tube preparation of DIG-labeled RNA probes and high throughout hybridization using 96-well silent screen plates"Zoological Science. (in press). (2001)

[Publications] K.Yagi: "Isolation of an early neural maker gene abundantly expressed in the nervous system of the ascidian, Halocynthia roretzi."Development,Genes and Evolution. 211. 49-53 (2001)

[Publications] K.W.Makabe: "Maternal genetic information stored in fortilized eggs of the ascidia,Halocynthia roretzi."Biology of Ascidian. (in press). (2001)

[Publications] Y.Sasakura: "Ascidian Wnt-7 gene is expressed exclusively in the tail neural tube of tailbud embryos."Development,Genes and Evolution. 210. 641-643 (2000)

真壁和裕京都大学, 大学院・理学研究科, 助手 (60222288)