ゲノム/cDNA情報を基盤とした疾患関連遺伝子解明法の開発

2001 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 12204003
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 菅野 純夫 東京大学, 医科学研究所, 助教授 (60162848)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 加藤 宏幸 国立感染症研究所, ウィルス製剤部, 主任研究員 (60185866)
• Keywords: 完全長cDNA / プロモーター / 転写 / SNP / 発現プロファイル

Research Abstract

オリゴキャップ法による完全長cDNAライブラリーを、ヒト正常組織、癌組織(、癌細胞由来細胞株、正常細胞株よりmRNAを抽出し、35種類を作製し、本年度までに、総数で約30万の5'端EST決定を行った。5'端ESTのうち、約18万を使用し、そのクラスタリングとGenbankデータとのhomology解析を行った。その結果、約7000の既知遺伝子の転写開始部位を同定するに至った。このデータと、ゲノムドラフト配列を比較した結果(比較時点でドラフト配列のカバー率60%)、約5000の遺伝子について、プロモーター領域を含むと考えられる転写開始点上流1000塩基長のゲノム配列を得ることが出来た。
この領域をTFBINDにて解析した結果、約30%にTATA配列が、約80%にイニシエーター配列が、約95%にGC-boxが、約60%にCAT-boxが存在した。また、半数はCpGアイランドに存在していた。これらのデータを、元に、転写開始点データベースDBTSSを作製し、公開した。
一方、機能未知の遺伝子の転写開始点は、現在約3000の遺伝子につきプロモーターが分かった。これは、さらに多数のプロモーターを集め、SNP解析、特許申請などを考慮中である。
共同研究下で行っている、機能未知cDNAクローンの全長シークエンスで得られた配列データを、ドラフト配列上への、張り付けを引き続き行った。その結果を解析し、「ゲノム医科学」向け専用ホームページにて公開中である。

Research Products

• [Publications] Date H: "Early-onset ataxia with ocular motor apraxia and hypoalbuminemia is caused by mutations in a new HIT superfamily gene"Nature Genet. 29. 184-188 (2001)
• [Publications] Suzuki Y: "Diverse transcriptional initiation revealed by fine, large-scale mapping of mRNA start sites"EMBO Rep.. 2. 388-393 (2001)
• [Publications] Suzuki Y: "Identification and characterization of the potential promoter regions of 1031 kinds of human genes"Genome Res.. 11. 677-684 (2001)
• [Publications] Choi DK: "Molecular cloning and characterization of a gene expressed in mouse developing tongue, mDscr5 gene, a homolog of human DSCR5 (Down syndrome Critical Region gene 5)"Mamm Genome.. 12. 347-351 (2001)
• [Publications] Yudate, H.: "Launch of a full-length cDNA database from the helix research institute"Nucl. Acid Res.. 29. 185-188 (2001)
• [Publications] Akiyama, T: "Mammalian homologue of E. coli ras-like GTPase (ERA) is a possible apoptosis regulator with RNA binding activity"Gene to ells. 6. 987-1001 (2001)