ゲノム/cDNA情報を基盤とした疾患関連遺伝子解明法の開発

2002 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 12204003
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 菅野 純夫 東京大学, 医科学研究所, 助教授 (60162848)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 加藤 宏幸 国立感染症研究所, ウィルス製剤部, 主任研究官 (60185866)
• Keywords: 完全長cDNA / プロモーター / 転写 / SNP / 発現プロファイル

Research Abstract

オリゴキャップ法による完全長cDNAライブラリーを、ヒト正常組織、癌組織(、癌細胞由来細胞株、正常細胞株よりmRNAを抽出し、25種類を作製し、本年度までに、総数で約45万の5'端EST決定を行った。5'端ESTのうち、約25万を使用し、そのクラスタリングとGenbankデータとのhomology解析を行った。その結果、約8000の既知遺伝子の転写開始部位を同定するに至った。このデータと、ゲノムドラフト配列を比較した結果(比較時点でドラフト配列のカバー率60%)、約8000の遺伝子について、プロモーター領域を含むと考えられる転写開始点上流1000塩基長のゲノム配列を得ることが出来た。
これらのデータを、元に、転写開始点データベースDBTSSを作製し、公開した。
一方、機能未知の遺伝子の転写開始点は、現在約4000の遺伝子につきプロモーターが分かった。これは、さらに多数のプロモーターを集め、SNP解析、特許申請などを考慮中である。共同研究下で行っている、機能未知cDNAクローンの全長シークエンスで得られた配列データを、ドラフト配列上への、張り付けを引き続き行った。その結果を解析し、「ゲノム医科学」向け専用ホームページにて公開中である。さらに、完全長cDNAデータを用いてプロテオーム解析用のタンパク質データベースの整備を開始した。機能未知タンパク質の細胞内局在を1000クローンにつき決定した。

Research Products

• [Publications] Kato H: "SYT associates with human SNE/SWI complexes and the C-terminal region of its fusion partner SSX1 targets histones"J Biol Chem.. 277. 5498-5505 (2002)
• [Publications] Ueda R.: "A Transcription Factor Response Element for Gene Expression During Circadian Night"Nature. 418. 534-539 (2002)
• [Publications] Suzuki Y: "DBTSS : DataBase of human Transcriptional Start Sites and full-length cDNAs"Nucleic Acids Res.. 30. 328-331 (2002)
• [Publications] Osada N: "Search for genes positively selected during primate evolution by 5'-end-sequence screening of cynomolgus monkey cDNAs"Genomics. 79. 657-662 (2002)
• [Publications] Shiroki K: "Internal ribosome entry site-mediated translation of Smad5 in vivo : requirement for a nuclear event"Nucleic Acids Res. 30. 2851-2861 (2002)
• [Publications] Nishikawa T: "Database and analysis system for cDNA clones obtained from full-length enriched cDNA libraries"In Silico Biol.. 2. 5-18 (2002)