2003 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノム/cDNA情報を基盤とした疾患関連遺伝子解明法の開発

Research Project

Project/Area Number	12204003
Research Institution	The University of Tokyo
Principal Investigator	菅野純夫東京大学, 医科学研究所, 助教授 (60162848)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	加藤宏幸国立感染症研究所, ウイルス製剤部, 主任研究官 (60185866)
Keywords	完全長cDNA / プロモーター / 転写 / SNP / 発現プロファイル
Research Abstract	オリゴキャップ法による完全長cDNAライブラリーを、ヒト正常組織、癌組織(、癌細胞由来細胞株、正常細胞株よりmRNAを抽出し、10種類を作製し、本年度までに、総数で約55万の5'端EST決定を行った。5'端ESTのうち、約30万を使用し、そのクラスタリングとGenbankデータとのhomology解析を行った。その結果、約9000の既知遺伝子の転写開始部位を同定するに至った。このデータと、ゲノムドラフト配列を比較した結果(比較時点でドラフト配列のカバー率60%)、約8600の遺伝子について、プロモーター領域を含むと考えられる転写開始点上流1000塩基長のゲノム配列を得ることが出来た。これらのデータを、元に、転写開始点データベースDBTSSを作製し、公開した。一方、機能未知の遺伝子の転写開始点は、現在約6000の遺伝子につきプロモーターが分かった。これは、さらに多数のプロモーターを集め、SNP解析、特許申請などを考慮中である。共同研究下で行っている、機能未知cDNAクローンの全長シークエンスで得られた配列データを、ドラフト配列上への、張り付けを引き続き行った。その結果を解析し、「ゲノム医科学」向け専用ホームページにて公開中である。さらに、完全長cDNAデータを用いてプロテオーム解析用のタンパク質データベースの整備を開始した。機能未知タンパク質の細胞内局在を3000クローンにつき決定した。

Research Products
(7 results)

All Other

All Publications (7 results)

[Publications] Furukawa K.: "Isolation and functional analysis of the melanoma specific promoter region_of_human GD3 synthase gene"Biochim Biophys Acta. 1627(2-3). 71-78 (2003)
[Publications] Shibui-Nihei A.: "The 5'terminal oligopyrimidine tract of human elongation factor 1A-1 gene functions as a transcriptional initiator and produces a variable number of Us at the transcriptional level"Gene. 311. 137-145 (2003)
[Publications] Ohira M.: "Neuroblastoma oligo-capping cDNA project : toward the understanding of the genesis and biology of neuroblastoma"Cancer Lett. 197(1-2). 63-68 (2003)
[Publications] Ohira M.: "Nakagawara Expression profiling and characterization of 4200 genes cloned from primary neuroblastomas : identification of 305 genes differentially expressed between favorable and unfavorable subsets"Oncogene. 22. 5525-5536 (2003)
[Publications] Yamashita R.: "Small open reading frames in 5'untranslated regions of mRnas"C R Biol.. 326. 987-991 (2003)
[Publications] Ota T.: "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs"Nat Genet.. 36. 40-45 (2004)
[Publications] Suzuki Y.: "Methods Mol Biol.(221)"Construction of a full-length enriched and a 5'-end enriched cDNA library using the oligo-capping method. 73-91 (2003)

2003 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノム/cDNA情報を基盤とした疾患関連遺伝子解明法の開発

Principal Investigator

菅野 純夫 東京大学, 医科学研究所, 助教授 (60162848)

Research Products

[Publications] Furukawa K.: "Isolation and functional analysis of the melanoma specific promoter region_of_human GD3 synthase gene"Biochim Biophys Acta. 1627(2-3). 71-78 (2003)

[Publications] Shibui-Nihei A.: "The 5'terminal oligopyrimidine tract of human elongation factor 1A-1 gene functions as a transcriptional initiator and produces a variable number of Us at the transcriptional level"Gene. 311. 137-145 (2003)

[Publications] Ohira M.: "Neuroblastoma oligo-capping cDNA project : toward the understanding of the genesis and biology of neuroblastoma"Cancer Lett. 197(1-2). 63-68 (2003)

[Publications] Ohira M.: "Nakagawara Expression profiling and characterization of 4200 genes cloned from primary neuroblastomas : identification of 305 genes differentially expressed between favorable and unfavorable subsets"Oncogene. 22. 5525-5536 (2003)

[Publications] Yamashita R.: "Small open reading frames in 5'untranslated regions of mRnas"C R Biol.. 326. 987-991 (2003)

[Publications] Ota T.: "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs"Nat Genet.. 36. 40-45 (2004)

[Publications] Suzuki Y.: "Methods Mol Biol.(221)"Construction of a full-length enriched and a 5'-end enriched cDNA library using the oligo-capping method. 73-91 (2003)

菅野純夫東京大学, 医科学研究所, 助教授 (60162848)