2004 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノム/cDNA情報を基盤とした疾患関連遺伝子解明法の開発
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12204003
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| Research Institution | THE UNIVERSITY OF TOKYO |
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Principal Investigator |
菅野 純夫 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (60162848)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大海 忍 東京大学, 医科学研究所, 助教授 (20160046)
加藤 宏幸 国立感染症研究所, ウィルス製剤部, 主任研究官 (60185866)
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| Keywords | 完全長cDNA / 転写 / プロモーター / SNP / 発現プロファイル |
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| Research Abstract |
オリゴキャップ法による完全長cDNAライブラリーを、ヒト正常組織、癌組織、癌細胞由来細胞株、正常細胞株よりmRNAを抽出し、5種類を作製し、本年度までに、総数で約65万の5'端EST決定を行った。5'端ESTのうち、約55万を使用し、そのクラスタリングとGenbankデータとのhomology解析を行った。その結果、約1万1000の既知遺伝子の転写開始部位を同定するに至った。このデータと、ゲノム配列を比較した結果プロモーター領域を含むと考えられる転写開始点上流1000塩基長のゲノム配列を得ることが出来た。
これらのデータを、元に、転写開始点データベースDBTSSを作製し、公開した。
一方、約500の遺伝子につきプロモーターをクローン化し、その活性を実際の細胞の中で測定した。同時に,ランダムなゲノム配列をクローン化しその活性を測定した。それにより、遺伝子のプロモーター部分に当たらないゲノム配列でも、約10%に弱いながらプロモーター様活性が存在することが分かった。これは、non-coding RNAが多数見つかることと対応していると考えている。
さらに、分子量の小さいタンパク質のプロテオーム解析をおこなった。その結果、mRNAの5'UTRに存在する小ORFがタンパク質として翻訳されていることが判明した。完全長cDNAデータを用いてプロテオーム解析用のタンパク質データベースの整備を開始した。機能未知タンパク質の細胞内局在を3000クローンにつき決定した。
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