2002 Fiscal Year Annual Research Report
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12204006
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
大久保 公策 九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (40233069)
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| Keywords | 疾患遺伝子 / iAFLP法 / 発現プロファイル / 遺伝子発現 |
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| Research Abstract |
遺伝子発現パターン等の特徴から遺伝子の機能を推測するためには、精密な遺伝子発現プロファイリングを行う必要がある。そのためにはマイクロアレイより、高精度なデータ集積に適したPCRベースの発現定量法iAFLP法とデータ解釈ツールとしてLSI-BOB法を併用することが最高の出力を保証する。更に、未知遺伝子に対する正確な機能予測を行うために正確な発現データ収集及びLSI-BOB法の改良が必要である。
本年度の計画として、これまで使用してきたPCR primerについて解読された全ゲノム配列と比較することにより、PCR産物が複数になるprimerを除去した。次に、アニーリング温度等の条件をplateごとに揃えることで、PCR反応による増幅誤差をなくすprimer setを構築した。
また、同plateに発現量の高いものと低いものが混在した際、低い発現量のプロファイルに歪みが生じることが分かったため、Bodymap、SAGE、Microarray等のデータより発現頻度の等しい遺伝子同士を同じplateでPCRするようにprimer setを構成した。
その結果、ヒト(22,000primer)及びラット(10,000primer)の測定では、全primerの9割以上でデータが抽出でき、再現性も非常に高いものであった。
これにより、ヒト組織(30種)、ヒト胎児組織(42種)、培養細胞(50種)、ラット組織(30種)、合計152種のデータを新たに正常組織遺伝子発現データとしてデータベースに加えることができた。
BOB法に関しては、新たに10冊分の生物・医学関連の教科書知識を整理したことで、より詳細な発現データ解釈を行うことが可能になってきている。また、入力された生物・医学知識をカテゴリー分類することにより発現パターンにより遺伝子機能を正確に予測できるようにした。
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Research Products
(4 results)
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[Publications] Sakai R et al.: "Construction of human corneal endothelial cDNA library and identification of novel active genes"Invest Ophthalmol Vis Sci. 43(6). 1749-1756 (2002)
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[Publications] Nakajima H et al.: "Gene expression profile of renal proximal tubules regulated by proteinuria"Kidney Int. 61(5). 1577-1587 (2002)
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[Publications] Tanaka S et al.: "Expression profile of active genes in the human pituitary gland"J Mol Endocrinol. 28(1). 33-34 (2002)
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[Publications] Saito K et al.: "Gene expression profiling of mucosal addressin cell adhesion molecule-1+ high endothelial venule cells (HEV) and identification of a leucine-rich HEV glycoprotein as a HEV marker"J Immunol. 168(3). 1050-1059 (2002)
