2002 Fiscal Year Annual Research Report
細胞性粘菌のゲノム解析による細胞分化の遺伝子システム解明
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12206001
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
田仲 可昌 筑波大学, 生物科学系, 教授 (80091908)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
前田 ミネ子 大阪大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (70029700)
森尾 貴広 筑波大学, 生物科学系, 助手 (10292509)
漆原 秀子 筑波大学, 生物科学系, 助教授 (00150087)
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| Keywords | 細胞性粘菌 / cDNA解析 / ゲノム / 細胞分化 / マイクロアレイ / in situハイブリダイゼーション / 転写制御因子 / 脱分化 |
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| Research Abstract |
最も単純な多細胞体制を持ち細胞分化するモデル生物、細胞性粘菌Dictyostelium discoideumの大規模なcDNA解析を行い、次の成果を得た。
(1)完全長cDNAライブラリーの中で残っていたHシリーズ43,724クローンの配列決定が終わり、計画していた全ての配列決定は終了した。解析した総cDNAクローン数は95,884で、157,284リードから得られたcDNAコンティグの総数は6,718になった。これらの配列情報を整理して1部アノテーションを付けその他の関連情報とともにHPで公開している。(2)染色体2番に存在する遺伝子のcDNAコンティグをGeneSeqrプログラムで染色体にたいして対応付けを行った。(3)40の転写制御関連遺伝子について、遺伝子破壊処理を行い16遺伝子について破壊株を得、また、Real time定量PCRで発現量を定量した。また、機能解析のために、部位特異的に発現する遺伝子のプロモーターとGFPを融合させたベクターを5種作製した。(4)脱分化過程での遺伝子発現プロファイルの解析が進行中で、この過程は3つのphaseを持ち、phaseIIで発現が上昇する遺伝子273個にはG2で発現するものが多かった。(5)細胞周期での遺伝子発現プロファイルの解析が進行中で、この過程には共発現する3つの遺伝子グループが存在することがわかった。(6)約400個の遺伝子についてin situハイブリダイゼーション解析を行い、特に予定柄細胞で発現する遺伝子に注目し、PstA, PstAB, PstO細胞特異的に発現する遺伝子を同定した。また、各発現パターンをデータベースとしてHPに掲載した。
(http://www.csm.biol.tsukuba.ac.jp/〜tools/bin/ISH/index.html)。
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[Publications] Mineko MAEDA: "Changing patterns of gene expression in prestalk cell subtypes of Dictyostelium recognized by in situ hybridization with genes from microarray analyses"Eukaryotic Cell. (In press). (2003)
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[Publications] Hidekazu KUWAYAMA: "A novel PCR-mediated method for one tube generation of a gene disruption construct"Biotechnology letters. 24. 1307-1312 (2002)
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[Publications] Nancy Van DRIESSCHE: "A transcriptional profile of multicellular development in Dictyostelium discoideum"Development. 129. 1543-1552 (2002)
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[Publications] Hideko URUSHIHARA: "Functional genomics in Dictyostelium discoideum"Molecules and Cells. 13. 1-4 (2002)
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[Publications] 桑山 秀一: "PCR法による遺伝子破壊コンストラクトの作製法"日本農芸化学会誌. 77. 150-153 (2003)
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[Publications] Aleksandra BOGDANOVIC: "Syntaxin 7, syntaxin 8, Vtil and VAMP7(vesicle-associated membrane protein 7)form an active SNARE complex for early macropinocytic compartment fusion in Dictyostelium discoideum"Biochemical Journal. 368. 29-39 (2002)
