2000 Fiscal Year Annual Research Report

蛋白質間相互作用情報の系統的解析

Research Project

Project/Area Number	12206004
Research Category	Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
Research Institution	Kanazawa University
Principal Investigator	伊藤隆司金沢大学, がん研究所, 教授 (90201326)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	住本英樹九州大学, 医学研究院, 教授 (30179303) 太田一寿金沢大学, がん研究所, 助手 (00322727)
Keywords	蛋白質相互作用 / 酵母2ハイブリッド法 / 相互作用ドメイン
Research Abstract	蛋白質間相互作用は様々な生命現象の根幹で重要な役割を果たしており、システムとしての細胞の理解を深めるには、その系統的解析が欠かせない。そこで我々は出芽酵母をモデルに2ハイブリッド法による蛋白質間相互作用情報の系統的収集を行い、これを核に相互作用ネットワークの全貌解明に迫ることを目的としている。と同時に、相互作用を司る蛋白質モジュールを同定し、これを用いた各相互作用の機能解析(生物学的意味付け)および普遍的相互作用ルールの発見も目指している。本年度の成果は下記の様に要約される。 1)出芽酵母の6000ORF全部を対象に、全ての可能な組み合わせで相互作用を検討する網羅的2ハイブリッド解析を終了した。その結果、総計4549種の相互作用が同定され、世界最大のデータセットが構築された。各相互作用に関して、蛋白質のアノテーション、両者の文献中での共起情報、他者による報告の有無、両遺伝子間の遺伝的相互作用および共発現情報、他種における相同相互作用の有無、等々の情報を付加したデータベースを構築、解析ソフトウェアツールとともに公開した。 2)段階欠質変異体集団を2ハイブリッド選択にかけてその結果をフットプリントとして表示する独自の新技術2ハイブリッドフットプリント法(2HF)を考案、新たに開発した組み換えによる段階欠失変異体作成法を導入し、実際にMAPキナーゼカスケードのscaffoldであるSTE5とSTE11、STE7との相互作用領域マッピングに成功した。これにより2HFのfeasibilityが示された。 3)先に酵母細胞極性決定系から発見した相互に結合するPB1ドメインとPCモチーフが、ヒト好中球の活性酸素生成系および哺乳類細胞極性決定系においても機能していることを発見、この相互作用の普遍性を証明した。更に酵母翻訳制御系から新たな相互作用モジュールGIドメインを同定した。

Research Products

(6 results)

All Other

All Publications (6 results)

[Publications] Ito,T. et al.: "Toward a protein-protein interaction map of the budding yeast : a comprehensive system to examine two-hybrid interactions in all possible combinations between the yeast proteins"Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 97(3). 1143-1147 (2000)
[Publications] Kubota,H. et al.: "GI domain-mediated association of the eukaryotic initiation factor 2 alpha kinase GCN2 with its activator GCN1 is required for general amino acid control in budding yeast"J.Biol.Chem.. 275(27). 20243-20246 (2000)
[Publications] Shiose,A. et al.: "Arachidonic acid and phosphorylation synergistically induce a conformational change of p47phox to activate the phagocyte NADPH oxidase"J.Biol.Chem.. 275. 13793-13801 (2000)
[Publications] Noda,Y. et al.: "Human homologues of the Caenorhabditis elegans cell polarity protein PAR6 as an adaptor that links the small GTPases Rac and Cdc42 to atypical protein kinase C"Genes Cells. 6(2). 107-120 (2001)
[Publications] Ito,T. et al.: "A comprehensive two-hybrid analysis to explore the yeast protein interactome"Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 98(in press). (2001)
[Publications] Kubota,H. et al.: "Budding yeast GCN1 binds GI domain to activate the eIF2alpha kinase GCN2"J.Biol.Chem.. 276(in press). (2001)

2000 Fiscal Year Annual Research Report

蛋白質間相互作用情報の系統的解析

Principal Investigator

伊藤 隆司 金沢大学, がん研究所, 教授 (90201326)

Research Products

[Publications] Ito,T. et al.: "Toward a protein-protein interaction map of the budding yeast : a comprehensive system to examine two-hybrid interactions in all possible combinations between the yeast proteins"Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 97(3). 1143-1147 (2000)

[Publications] Kubota,H. et al.: "GI domain-mediated association of the eukaryotic initiation factor 2 alpha kinase GCN2 with its activator GCN1 is required for general amino acid control in budding yeast"J.Biol.Chem.. 275(27). 20243-20246 (2000)

[Publications] Shiose,A. et al.: "Arachidonic acid and phosphorylation synergistically induce a conformational change of p47phox to activate the phagocyte NADPH oxidase"J.Biol.Chem.. 275. 13793-13801 (2000)

[Publications] Noda,Y. et al.: "Human homologues of the Caenorhabditis elegans cell polarity protein PAR6 as an adaptor that links the small GTPases Rac and Cdc42 to atypical protein kinase C"Genes Cells. 6(2). 107-120 (2001)

[Publications] Ito,T. et al.: "A comprehensive two-hybrid analysis to explore the yeast protein interactome"Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 98(in press). (2001)

[Publications] Kubota,H. et al.: "Budding yeast GCN1 binds GI domain to activate the eIF2alpha kinase GCN2"J.Biol.Chem.. 276(in press). (2001)

伊藤隆司金沢大学, がん研究所, 教授 (90201326)