2001 Fiscal Year Annual Research Report
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12207001
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
高木 利久 東京大学, 医科学研究所, 教授 (30110836)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
森下 真一 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (90292854)
宮野 悟 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50128104)
中井 謙太 東京大学, 医科学研究所, 助教授 (60217643)
岡本 正宏 九州大学, 大学院・農学研究院, 教授 (40211122)
郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)
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| Keywords | ゲノム情報科学 / バイオインフォマティクス / ゲノムオントロジー / テキストからの情報抽出 / 知識発見 / 構造ゲノム科学 / 遺伝子ネットワーク / タンパク質立体構造予測 |
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| Research Abstract |
ゲノム情報科学の推進を図るために班会議、シンポジウム、講習会等を開催した。平成13年度中に催した中で、主なものを以下に示す。
・第6回バイオインフォマティクス講習会「ヒトゲノム計画とインターネット」(7月20日から21日、東京)
・情報系研究者、学生のための分子生物学実習(7月31日から8月2日、東京)
・ゲノム4領域合同班会議(8月22日から25日、神戸)
・ゲノム情報国際会議(12月17日から19日、東京)
・合同班会議、個別班会議、公開シンポジウム(1月11日から12日、東京)
・公開ワークショツプ「構造ゲノム科学としての情報生物学(GenProC2002)」(1月13日、東京)
・国際ワークショップ「生命科学のための自然言語処理とオントロジー構築」(2月18日から20日、東京)
・公開シンポジウム「自然言語処理とゲノムオントロジー」(2月20日、東京)
また、上記活動と並行して、大規模並列計算機を3台購入して、それぞれ、ホモロジーモデリングによるタンパク質立体構造の網羅的予測、高精度ヒト遺伝子地図作成と転写制御解析用アノテーション、遺伝子ネットワークの相互作用推定のための大次元数値最適化計算を支援した。このうち、最初の2つの研究成果はすでにデータベースとして公開され、多くの研究者から利用されている。さらに、現在世界的に競争になっている、あるいは、研究者の需要が高いソフトウェアやデータベースの開発の支援を行った。これらについてもその多くがすでに公開され、研究者の利用に供している。
研究の推進と関係者の情報交換を図るために、総括班に設けている「オントロジー整備委員会」と「ソフトウェア高速化および共有化委員会」では、論文からの情報抽出のためのタグ付コーパスの作成と普及、XMLによるデータベース標準化、GRID GAによる超並列パラメタ最適化プラットホーム構築、などについて講演、議論、作業を行った。
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Research Products
(6 results)
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[Publications] Fukuda, K.: "Knowledge representation of signal transduction pathways"Bioinformatics. 17. 829-837 (2001)
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[Publications] Nakai, K.: "Prediction of in vivo fates of proteins in the era of genomics and proteomics"Journal of Structural Biology. 134(2/3). 103-116 (2001)
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[Publications] Bannai, H.: "Extensive feature detection of N-terminal protein sorting signals"Bioinformatics. 18(2). 298-305 (2002)
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[Publications] Morishita, S.: "Computing optimal hypotheses efficiently for boosting"Progresses in Discovery Science. (印刷中). (2002)
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[Publications] Shionyu, M.: "Variable subunit contact and cooperativity of hemoglobins"Journal of Molecular Evolution. 53(4/5). 416-429 (2001)
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[Publications] Maki, Y.: "Development of a system for the inference of large scale genetic networks"Pacific Symposium on Biocomputing 2001 (PSB2001). 446-458 (2001)
