2003 Fiscal Year Annual Research Report
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12207001
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
高木 利久 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30110836)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
森下 真一 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (90292854)
美宅 成樹 名古屋大学, 大学院・工学研究科, 教授 (10107542)
宮野 悟 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50128104)
岡本 正宏 九州大学, 大学院・農学研究院, 教授 (40211122)
郷 通子 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 教授 (70037290)
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| Keywords | ゲノム情報科学 / バイオインフォマティクス / ゲノムオントロジー / テキストからの情報抽出 / ゲノムデータベースからの知識発見 / 構造ゲノム科学 / 遺伝子ネットワーク / タンパク質相互作用解析 |
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| Research Abstract |
ゲノム情報科学の推進を図るため班会議、シンポジウム、等を開催した。平成15年度中に開催したものの中で主なものを以下に示す。
・国際オントロジーワークショップおよぴシンポジウム(5月、東京)
・ゲノム特定4領域合同班会議(8月、福岡)
・ゲノムひろば(11月、福岡、京都、東京で3回)
・ゲノム情報国際会議(12月、横浜)
・成果公開シンポジウム(1月、東京)
・公開ワークショップGenProc2004(2月、東京)
この他に、科学技術振興機構(JST)バイオインフォマティクス推進センターと共催で、ゲノムリテラシー講座(5回)を開催した。また、ゲノム研究を一般向けに紹介するDVDを作成し教育関係者等に配布した。これらの活動と並行して、昨年度に引き続き、ゲノム情報科学の人材養成、入材発掘を目的としてバイオインフォマティクスプログラミングコンテストBIP2004を催した。また、ゲノム情報科学を始めとするゲノム特定4領域の成果であるデータベースや解析ソフトウエアの一覧をインターネット上で公開した。さらに、生物系と情報系の融合研究(タンパク質相互作用解析など)を推進するための研究拠点整備の支援を行った。
研究の推進と関係者の情報交換を図るために総括班に設けている「オントロジー整備委員会」、「ソフトウェア高速化および共有化委員会」、「タンパク質高次構造に関する情報流通・予測評価委員会」では、それぞれ、情報抽出やオントロジー構築のためのリソース整備、バイオ研究のためのグリッドコンピューティングの環境整備と利用技術開発、タンパク質高次構造からのゲノム機能解明、などについて講演、討論、情報交換などを行った。
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Research Products
(7 results)
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[Publications] Koike, A.: "Kinase Pathway Database : An integrated protein-kinase and NLP-based protein-interaction resource"Genome Research. 13. 1231-1243 (2003)
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[Publications] Kim, S.: "Inferring gene networks from time series microarray data using dynamic Bayesian networks"Briefings in Bioinformatics. 4(3). 228-235 (2003)
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[Publications] Imai, K.: "Common Pattern of Coarse-Grained Charge Distribution of Structurally Analogous Proteins"Chem-Bio Informatics Journal. 3(4). 174-200 (2003)
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[Publications] Yamada, T.: "Computing Highly Specific and Noise Tolerant Oligomers Efficiently"Journal of Bioinformatics and Computational Biology. (印刷中). (2004)
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[Publications] Yamaguchi, A.: "Het-PDB Navi : A Database for Protein-Small Molecule Interactions"J.Biochem. 135(1). 79-84 (2004)
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[Publications] 岡本正宏: "実数値GAのバイオ分野への応用:大規模遺伝子ネットワークの相互作用推定"人工知能学会誌. 18(5). 502-509 (2003)
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[Publications] 美宅成樹, 榊佳之編: "応用生命科学シリーズ9 バイオインフォマティクス"東京化学同人. 195 (2003)
