2004 Fiscal Year Annual Research Report
タンパク質立体構造情報からのゲノム機能解読・進化の解析
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12208006
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| Research Institution | Nagahama Institute of Bio-Science and Technology |
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Principal Investigator |
郷 通子 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 教授 (70037290)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
高橋 健一 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 助教授 (20322737)
白井 剛 生物分子工学研究所, 生命情報解析部門, 主任研究員 (00262890)
曽田 邦嗣 長岡技術科学大学, 工学部, 教授 (10011686)
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| Keywords | 選択的スプライシング / タンパク質間ネットワーク / 3Dキーノート / モジュール / HetPDB-Navi / RNA・タンパク質相互作用 / 糖鎖-タンパク質相互作用 / 疎水クラスタ |
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| Research Abstract |
ヒトゲノム・アノテーション(H-invitational)における主な寄与として、独自の手法である3Dキーノートの検索を完全長cDNAに対して実行し、機能未知遺伝子の機能部位推定を行った(郷)。一方、選択的スプライシング(AS)同定法を独自に開発し、ASで変化する領域の大多数はドメイン・サイズよりも短いこと、ASによる変化はそのタンパク質産物の立体構造の不安定化または相互作用部位の消失につながり、それによりタンパク質間ネットワークのパスを変える可能性を見出した(郷、高橋)。タンパク質に結合するヘテロ分子のデータベースHetPDB-Naviにおいて、毎月のデータ更新、検索機能の強化、および、ユーザーインターフェースの改良を行った(郷)。
RNA・タンパク質相互作用予測に役立つ知見として、アミノアシルtRNA合成酵素において立体構造上に配列保存部位の局在性が見られ、tRNAとの特異的相互作用部位とよい対応関係を見出した(投稿予定)(高橋)。
糖鎖-タンパク質相互作用予測法の予測成績の改善を目指してスコア系作成の自動化と改良を行った。さらに、この改良スコア系から系統的に糖鎖認識モチーフを取り出す方法を開発した。実験的検証については、6種のレクチン糖鎖複合体の回折データを収集し、5つの複合体のモデル精密化を完了した。さらに、耐熱化レクチンの構造解析を行い報告した(白井)。
疎水クラスタ残基は、非特異的な疎水凝集力によって分子鎖をコンパクト化し、探索空間を大幅に減少させることにより、折り畳み過程を加速する役割を果たすこと、一方、単独でも天然構造に類似の局所構造を取り易いモジュールは、折り畳みの鍵残基を提供する可能性があることが明らかになった。即ち、大局的な疎水凝集力と、局所的・特異的な極性相互作用の協同効果の役割が、数種の擬ペプチド鎖とモジュール・ペプチド鎖の解析で明らかになった(曽田)。
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[Journal Article] Role of KaiC phosphorylation in the circadian clock system of Synechococcus elongatus PCC 79422004
Author(s)
Nishiwaki T, Satomi Y, Nakajima M, Lee C, Kiyohara R, Kageyama H, Kitayama Y, Temamoto M, Yamaguchi A, Hijikata A, Go M, Iwasaki H, Takao T, Kondo
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Journal Title
Proc Natl Acad Sci U S A 101(38)
Pages: 13927-13932
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