2000 Fiscal Year Annual Research Report
| Project/Area Number |
12208007
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
|
| Research Institution | Kyoto University |
|---|
Principal Investigator |
五斗 進 京都大学, 化学研究所, 助教授 (40263149)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
佐藤 賢二 北陸先端科学技術大学院大学, 知識科学研究科, 助教授 (10215783)
|
|---|
| Keywords | 分子間相互作用 / 酵素反応 / マイクロアレイ発現データ / アミノ酸配列類似度データ / 相関ルール発見手法 / ゲノムデータベース / リンク情報 / オントロジー |
|---|
| Research Abstract |
1.分子間相互作用データベースBRITEの構築
分子間相互作用のデータと付加情報をファクトデータベースと統合できる形でデータベース化するために,分子間の様々な関連を二項関係として表現し,データベース化した.具体的にデータベース化した情報は次の6つである.
1)酵母2ハイブリッドシステムによるタンパク質問相互作用データ
2)連続して起こる酵素反応の情報を表す酵素反応間の関連データ
3)文献より抽出したタンパク質問相互作用データおよびタンパク質と遺伝子間の相互作用データ
4)マイクロアレイの発現実験による共発現している遺伝子間の関連データ
5)ゲノムが決定された生物種の遺伝子間のアミノ酸配列類似性データ
6)ゲノム上で隣り合った遺伝子間の関連データ
これらはBRITE(Biomolecular Relations in Information Transmission and Expression)の一部としてhttp://www.genome.ad.jp/brite/で公開している.
2.データ間の関連をデータベースから抽出するシステムの開発
データ間の関連を抽出するために,代表的なデータマイニング手法である相関ルール発見手法を用いて,与えられたエントリ集合に共通かつ特有な性質を高速に発見する汎用的な枠組みを考案し,実現した.また,既に構築済みのゲノムデータベース全文検索システムSTAGにこれを組み込んだ.ここでは,エントリ間の基礎的な関連情報として,研究代表者が既に開発・運用を行っているLinkDBが提供するリンク情報を用いている.これにより,STAGの利用者は「検索結果として得られたエントリ集合にどんな意味があるか」を手軽に調べることができる.さらに,リンク情報以外のリソースとして,ゲノムデータベースから専門用語を切り出し,組織化することにより,一種のオントロジーを構築するための予備調査を行った.
|
-
[Publications] Goto,S.,Kawashima,S.,Okuji,Y,Kamiya,T.,Miyazaki,S.,+2: "KEGG/EXPRESSION : A database for browsing and analysing microarray expression data."Genome Informatics. 11. 222-223 (2000)
-
[Publications] Nakaya,A.,Gate,S.and Kanehisa,M.: "Extraction of correlated gene clusters from multiple graph structures : Theory."Genome Informatics. 11. 270-271 (2000)
-
[Publications] Kawashima,S.,Nakaya,A.,Okuji,Y.,Goto,S.and Kanehisa,M.: "Extraction of correlated gene clusters from multiple graph structures : Application."Genome Informatics. 11. 272-273 (2000)
-
[Publications] Ogata,H.,Fujibuchi,W.,Goto,S.and Kanehisa,M.: "A heuristic graph comparison algorithm and its application to detect functionally related enzyme clusters."Nucleic Acids Research. 28. 4021-4028 (2000)
-
[Publications] Yagyuu,T.and Satou,K.: "Toward automatic construction of extensional ontology from genome databases."Genome Informatics. 11. 442-443 (2000)
-
[Publications] Naitou,T.,Satou,K.,Furuichi,E.,Kuhara,S.and Takagi,T.: "A system for finding association rules from microarray data and public databases."Genome Informatics. 11. 356-357 (2000)
