2000 Fiscal Year Annual Research Report
プロテインデータバンクを利用した蛋白質結晶の全自動分子置換法解析の研究
| Project/Area Number |
12480181
|
|---|
| Research Institution | Osaka University |
|---|
Principal Investigator |
楠木 正巳 大阪大学, 蛋白質研究所, 助教授 (90135749)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
栗栖 源嗣 大阪大学, 蛋白質研究所, 助手 (90294131)
田中 信夫 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (50032024)
|
|---|
| Keywords | 分子置換法 / 結晶 / 蛋白質 / プロテインデータバンク / 自動解析 |
|---|
| Research Abstract |
立体構造が未知の蛋白質の結晶解析では、それとアミノ酸配列の高い類似性(30-50%以上)のある蛋白質の立体構造が既知である場合、その蛋白質の原子座標をサーチモデルとして分子置換法による結晶解析が可能である。回転・並進関数のためのサーチモデルをプロテインデータバンクのエントリーの中から自動的に複数個構築し、この中から回転関数・並進関数で正解を与えるものを自動的に探し出す。この方法により、結晶解析のプロセスを全自動化する。
平成12年度では、多様なサーチモデルの構築の研究開発を行った。分子置換法のサーチモデル探索では多くのモデルを発生させ、その中からどれか一つが正解の回転・並進パラメータ与えればよい。サーチモデルの構築は、アミノ酸配列からシークエンスネイバー(n個)を出力し、それらのn対nの立体構造アラインメントから計算している。我々は、さらに、シークエンスネイバーの中から、2次構造、溶媒露出面積の計算により構造の保存されやすい部分を自動的に計算し、サーチモデルの一つとする。これらの計算は既存の計算機を用いた。
|
-
[Publications] K.Yamamoto,M.Kasanoki 他3名: "Crystallization and preliminary X-ray analysis of glucose dehydrogenase from Bacillus megaterlum IWG 3"Acta Crystallographica. D56. 1443-1445 (2000)
-
[Publications] M.Otagiri,G.Karisn,S.Ui M.ikusncnoki: "Crystal Strcture of meso-2,3-butanediol dehydrogenate in a complex with NAD and inhibitor mercaptoethanol"Journal of Biochemisty . 129. 205-208 (2001)
