2001 Fiscal Year Annual Research Report

レベル2以上の全細菌病原体のDNAチップの作成と感染症診断法の開発

Research Project

Project/Area Number	12557238
Research Institution	Gifu University
Principal Investigator	江崎孝行岐阜大学, 医学部, 教授 (90151977)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	河村好章岐阜大学, 医学部, 助教授 (80262757)
Keywords	病原体 / 感染症診断 / 病原因子 / DNAチップ / 検出 / レベル2 / レベル3
Research Abstract	病原細菌はレベル2、レベル3でそれぞれ350菌種、及びレベル3で11属33菌種が記載されている。これらの菌種は16SrDNAの配列を使って系統的に分類されている。そのためこれらの細菌のリボソームRNA配列を網羅的にマイクロアレイに固定しておけば系統的な位置が配列を決定しなくても判定できる。しかし、16SrRNA情報だけでは病原因子を保有した株と保有していない株を識別出来ないため、病原細菌を識別するにはさらに病原因子を固定したマイクロアレイが必要になる。我々は本研究を通じて、16SDrDNAと病原因子の保有を同時にマイクロアレイ上に固定することで、分離株の同定および検査材料中に病原体がいるかどうかを識別する方法を作成した。分離菌株がレベル2及びレベル3の病原体に該当するかどうかは16SrDNAをuniversal primerを使用し増幅しアレイ上の基準株のリボソームと反応させることで系統的な位置を確認する。病原因子の保有の有無が問題になる病現体は約100菌種存在し、これらに関してはuniversal primerが存在しないので個々の病原因子に特異的な配列を使用して増幅した後、病原因子が固定されているマイクロアレイと反応させる方法を作成した。個々の病原因子は配列が大きく異なるため、100種類のPrimerを混合し一本のtubeにまとめて遺伝子増幅を行うmultiplex PCR法を利用して増幅する系を作成した。臨床材料から直接病原体を検出する系に関してはuniversal primerは便や喀痰のような常在菌が混入する材料には使えない。そのために菌種に特異的なリボゾーム配列、および属に共通のリボゾーム配列を増幅するprimerをデザインし喀痰、便、土壌、尿など材料別に特異リボゾーム配列を混合しmultiplex PCR法を作成した。

Research Products
(6 results)

All Other

All Publications (6 results)

[Publications] "Proposal of genera Anaerococcus, gen. nov., Peptoniphilus, gen. nov., and Catonia, gen. nov. for members of Genus Peptostreptococcus"Int.J.Syst.Evol.Microbiol. 51. 1521-1528 (2001)
[Publications] "Borrelia sinica sp. nov., a Lyme disease-related Borrelia species isolated in China"Int.J.Syst.Evol.Microbiol.. 51. 1817-1824 (2001)
[Publications] 江崎孝行, 河村好章: "Selective amphfication of tyv(rfbE), prt(rfbS), via B and fliC genes by multiplex PCR for identification of Salmonella enterica serorar Typhi, and paratyphi A"J.Clin.Microbiol.. 140. (2001)
[Publications] 河村好章: "Bacterial Population in Russiian Space Station "Mir""Microbiol.Immunol.. 45. 819-820 (2001)
[Publications] 江崎孝行: "Relationship between bath enrironment and Mycobacteria in the public-bath water"環境感染. 16. 279-2284 (2001)
[Publications] 江崎孝行: "遺伝子検査による迅速な微生物検査法"食品と開発. 37. (2001)

2001 Fiscal Year Annual Research Report

レベル2以上の全細菌病原体のDNAチップの作成と感染症診断法の開発

Principal Investigator

江崎 孝行 岐阜大学, 医学部, 教授 (90151977)

Research Products

[Publications] "Proposal of genera Anaerococcus, gen. nov., Peptoniphilus, gen. nov., and Catonia, gen. nov. for members of Genus Peptostreptococcus"Int.J.Syst.Evol.Microbiol. 51. 1521-1528 (2001)

[Publications] "Borrelia sinica sp. nov., a Lyme disease-related Borrelia species isolated in China"Int.J.Syst.Evol.Microbiol.. 51. 1817-1824 (2001)

[Publications] 江崎 孝行, 河村 好章: "Selective amphfication of tyv(rfbE), prt(rfbS), via B and fliC genes by multiplex PCR for identification of Salmonella enterica serorar Typhi, and paratyphi A"J.Clin.Microbiol.. 140. (2001)

[Publications] 河村 好章: "Bacterial Population in Russiian Space Station "Mir""Microbiol.Immunol.. 45. 819-820 (2001)

[Publications] 江崎 孝行: "Relationship between bath enrironment and Mycobacteria in the public-bath water"環境感染. 16. 279-2284 (2001)

[Publications] 江崎 孝行: "遺伝子検査による迅速な微生物検査法"食品と開発. 37. (2001)

江崎孝行岐阜大学, 医学部, 教授 (90151977)

[Publications] 江崎孝行, 河村好章: "Selective amphfication of tyv(rfbE), prt(rfbS), via B and fliC genes by multiplex PCR for identification of Salmonella enterica serorar Typhi, and paratyphi A"J.Clin.Microbiol.. 140. (2001)

[Publications] 河村好章: "Bacterial Population in Russiian Space Station "Mir""Microbiol.Immunol.. 45. 819-820 (2001)

[Publications] 江崎孝行: "Relationship between bath enrironment and Mycobacteria in the public-bath water"環境感染. 16. 279-2284 (2001)

[Publications] 江崎孝行: "遺伝子検査による迅速な微生物検査法"食品と開発. 37. (2001)