2001 Fiscal Year Annual Research Report

DNAチップを用いた高分解能レベルのHLA-DNAタイピング法の開発

Research Project

Project/Area Number	12559008
Research Institution	Tokai University
Principal Investigator	猪子英俊東海大学, 医学部, 教授 (10101932)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	鈴木収日清紡績株式会社, 東京研究センター, 主任研究員安藤麻子東海大学, 医学部, 講師 (40101935)
Keywords	HLA / マイクロアレイ / DNAタイピング / DNAチップ
Research Abstract	1) 現在DNAデータバンクに登録されているHLA-DRB1遺伝子304種、DRB3遺伝子35種、DRB4遺伝子11種、DRB5遺伝子15種の、計365種DRBの遺伝子型について、データベースよりエキソン2を中心とした塩基配列情報を収集した。 2) この情報をもとに、日本人の持つ遺伝子型を全て網羅するようにプライマーを設計し、全体で20組のプライマーセットを作製した後、既知HLA-DRB遺伝子型のDNA100種を用いてプライマーの検定を行った。その結果、14組が使用可能と判定されたため、この14組のセットに各々最適なプローブをコンピュータで検索し、DRB1遺伝子を中心に124本のプローブを設定した。 3) 設定後のプローブを合成し、ポリ-Lリンジコーティングしたスライドガラス上に3穴ずつ固定を行い、2)で得られたプライマーセットを用いて増幅したPCR産物とのハイブリダイゼーションを行った。 4) スライドガラスを蛍光スキャナーで読み取り、発色像の確認を行うと共に、有効なプローブ75本を選定し、残り49本について、鎖長の増減、イノシンの挿入などの改良を加え、最終的に103本のプローブを採用した。 5) これらのプローブを日本レーザーの新アレイヤーを用いて3穴ずつスポッティングし、20種の日本人ホモ接合体DNAと50種の日本人既知HLA-DRB1遺伝子型のヘテロ接合体DNAを用いてタイピングを行ったところ、ホモ接合体では80%の正解率が得られたが、ヘテロ接合体では69%の正解率であった。この原因については、プローブごとのバックグラウンドが、当初の予想より不均一であるため、ヘテロ接合体でのバックグラウンドが重なった場合、陽性シグナルと判定されることによるものと判明した。今後はプローブごとのシグナルをコントロールして陽性シグナルと明確に区別することで、自動判定が可能だと考えられた。

Research Products
(7 results)

All Other

All Publications (7 results)

[Publications] Ota M et al.: "A second susceptibility gene for developing rheumatoid arthritis in the human MHC is localized within a 70-kb interval telomeric of the TNF genes in the HLA class III region"Genomics. 71. 263-270 (2001)
[Publications] Kulski J K et al.: "The association between HLA-A alleles and an A/u dimorphism near HLA-G"J Mol Evol. 53. 114-123 (2001)
[Publications] Sano K et al.: "The absence of disease-specific polymorphisms within the HLA-B51 gene that is the susceptible locus for Behcet's disease"Tissue Antigens. 58. 77-82 (2001)
[Publications] Shiina T et al.: "Genomic anatomy of a premiar Major Histocompatibility Complex paralogous region onchrormosome 1q21-22"Genome Research. 11. 789-802 (2001)
[Publications] Romphruk AV et al.: "Diversity of MICA(PERB11.1)and HLA hapltotypes in Northeastem Thais"Tissue Antigens. 58. 83-89 (2001)
[Publications] 中島舞子, 成瀬妙子, 猪子英俊: "HLAクラスII抗原提示におけるHLA-DOの役割"臨床免疫. 35. 661-666 (2001)
[Publications] 松坂恭成, 猪子英俊: "医療機器センター15周年記念誌"医療機器センター. 4 (2001)

2001 Fiscal Year Annual Research Report

DNAチップを用いた高分解能レベルのHLA-DNAタイピング法の開発

Principal Investigator

猪子 英俊 東海大学, 医学部, 教授 (10101932)

Research Products

[Publications] Ota M et al.: "A second susceptibility gene for developing rheumatoid arthritis in the human MHC is localized within a 70-kb interval telomeric of the TNF genes in the HLA class III region"Genomics. 71. 263-270 (2001)

[Publications] Kulski J K et al.: "The association between HLA-A alleles and an A/u dimorphism near HLA-G"J Mol Evol. 53. 114-123 (2001)

[Publications] Sano K et al.: "The absence of disease-specific polymorphisms within the HLA-B51 gene that is the susceptible locus for Behcet's disease"Tissue Antigens. 58. 77-82 (2001)

[Publications] Shiina T et al.: "Genomic anatomy of a premiar Major Histocompatibility Complex paralogous region onchrormosome 1q21-22"Genome Research. 11. 789-802 (2001)

[Publications] Romphruk AV et al.: "Diversity of MICA(PERB11.1)and HLA hapltotypes in Northeastem Thais"Tissue Antigens. 58. 83-89 (2001)

[Publications] 中島舞子, 成瀬妙子, 猪子英俊: "HLAクラスII抗原提示におけるHLA-DOの役割"臨床免疫. 35. 661-666 (2001)

[Publications] 松坂恭成, 猪子英俊: "医療機器センター15周年記念誌"医療機器センター. 4 (2001)

猪子英俊東海大学, 医学部, 教授 (10101932)