ゲノム塩基配列情報に基づく遺伝子機能領域の数量的解析

2000 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 12874104
• Research Institution: Saitama University
• Principal Investigator: 佐藤 直樹 埼玉大学, 理学部, 教授 (40154075)
• Keywords: 葉緑体ゲノム / シアノバクテリア / ゲノム情報解析

Research Abstract

本年度は,葉緑体とシアノバクテリアのゲノム情報解析に関する研究を行った。
1.ゲノム遺伝情報の計算機を用いた解析のためのソフトウェアSISEQを開発し,ネットワーク上でもまた論文として公表した。これは現在も開発を続けており,バージョン1.3.0を近いうちに公表する。
2.SISEQライブラリをベースとして,ゲノム配列情報を解析するソフトウェアとして,dinuef,seqcorなどのソフトウェアを開発した。dinuef(dinucleotide frequency)は,塩基配列における距離iだけ離れた2塩基に注目し,その出現頻度の期待値からのずれを計算するもので,gcnome signatureを拡張したものでもある。seqcor(sequence correlation)は,塩基配列のアラインメントを入力とし,任意の2つの位置における塩基の組み合わせの期待値からのずれが大きいものを選び出し,これを核として平均的配列組成からのずれの大きな配列群あるいはずれの大きな位置の組み合わせを表示する。この他にも,GC skew・AT skew,回文配列の検索など,一般に行われている解析ができるSISEQのコマンドも作成した。
3.,葉緑体と細菌・シアノバクテリアのゲノム情報の解析を行った。ゲノム全体の性質として,Anabaena等のゲノムには特定の回文配列・制限部位の出現頻度に著しい偏りが見られた。dinuefの結果でも,数塩基離れた残基間で塩基出現頻度に大きな偏りが見られた。また,翻訳開始部位のコンテキスト解析では,いわゆるSD配列が存在しない場合が多いことがわかったが,代わりとなるような配列の候補はまだわからない。

Research Products

• [Publications] Sato,N.: "SISEQ : Manipulation of multiple sequence and large database files for common platforms."Bioinformatics. 16. 180-181 (2000)
• [Publications] Sato, N.: "Was the evolution of plastid genetic machinery discontinuous?"Trends in Plant Science. 6. 151-155 (2001)