DNAアレイを用いた転写因子の標的配列同定法の開発

2000 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 12878131
• Research Institution: Nara Institute of Science and Technology
• Principal Investigator: 高橋 直樹 奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 教授 (30179501)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 岡南 政宏 奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 助手 (70294288)
• Keywords: 転写因子 / 標的配列 / DNAアレイ / オリゴスクレオチド

Research Abstract

本研究は、転写因子の標的配列を明らかにする新しい方法を開発するというものである。転写因子の標的配列を同定する方法としては、ランダムな配列を含む合成オリゴヌクレオチドを、大腸菌発現系を用いて作製した蛋白を用い、抗体カラムやゲルシフトなどで精製をした後、ベクターにクローニングし、塩基配列を決定するという方法がある。しかしこの方法は、精製、クローニング、そして少なくとも数十の独立したクローンの塩基配列の決定と、かなり時間と手間がかかる方法である。本申請の方法は、DNAアレイとハイブリダイゼーションを用いるという方法であり、もしこの方法が確立すれば、きわめて短時間に多くの転写因子の標的配列を特定することができると考え以下の研究を行った。
標的配列既知の酵母(MCM1,Matα2)、マウス(Hox)の転写因子に(His)6タグを結合した大腸菌発現コンストラクトを作製しタグ付き転写因子を調製した。MCM1,Matα2については、ランダムな配列を含むオリゴヌクレオチドの混合物から標的配列を濃縮できることをPCR法によって確認した。またDNAアレイによる未知結合配列の検出が可能かどうかは、1000スポットのアレイを試作し、数十倍以上の濃縮があれば検出ができることを確認した。