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2014 Fiscal Year Annual Research Report

次世代シーケンサーを用いたアプタマー探索による腫瘍細胞の新規バイオマーカー開発

Research Project

Project/Area Number 12J02963
Research InstitutionTokyo University of Agriculture and Technology

Principal Investigator

セーボレー 那沙  東京農工大学, 大学院工学研究院, 特別研究員(PD)

Keywordsアプタマー / Cell-SELEX / 尿路感染症 / Proteus mirabilis / Escherichia coli / in silico maturation
Outline of Annual Research Achievements

Escherichia coliの尿路感染症単離株(E. coli NSM59)の細胞表面上の未知の抗原に結合するDNAアプタマーのスクリーニングを実施した。アプタマーの探索は、生きた細菌や細胞を直接標的に用いるCell-SELEX法により実施した。従来のSELEXでは、PCR増幅の際の増幅効率のバイアスによって増幅されやすい配列が濃縮され、目的のアプタマーが得られないことが課題として挙げられていた。本研究では、PCR増幅バイアスの影響を低減するために、real-time PCRを用いてDNAライブラリー回収量を定量し、PCR増幅サイクル数を最適化するqPCR-controlled Cell-SELEXを提案した。本手法によって、E. coli NSM59に結合するアプタマーを取得することに成功し、獲得したアプタマーをE. coli結合アプタマーとして報告した。これまでに、尿路感染症のもう1つの主要な細菌であるProteus mirabilisに結合するアプタマーを探索し、開発を進めてきたin silico maturation法によりアプタマーの特異性を改良することに成功している。今後これらの2つのアプタマーを用いることで、P. mirabilisやE. coliといった主要な尿路感染症細菌を検出するバイオセンサーの構築が期待される。さらに、これらのアプタマーは細胞表面上の未知の抗原に対して得られており、アプタマーを使ってこれらの抗原を精製・解析することで新たなバイオマーカー/抗原同定法としてのアプタマーの応用が期待できる。

Research Progress Status

本研究課題は平成26年度が最終年度のため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

本研究課題は平成26年度が最終年度のため、記入しない。

  • Research Products

    (9 results)

All 2015 2014

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (6 results)

  • [Journal Article] DNA aptamers against Cry j 2 of Japanese cedar pollen antigens2015

    • Author(s)
      Kazumasa Ogihara, Nasa Savory, Koichi Abe, Wataru Yoshida, Masahiko Asahi, Seika Kamohara, Kazunori Ikebukuro
    • Journal Title

      Biosensors and Bioelectronics

      Volume: 63 Pages: 159-165

    • DOI

      10.1016/j.bios.2014.07.030

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Selection of DNA aptamers against uropathogenic Escherichia coli NSM59 by quantitative PCR controlled Cell-SELEX2014

    • Author(s)
      Nasa Savory, Jonathan Nzakizwanayo, Koichi Abe, Wataru Yoshida, Stefano Ferri, Cinzia Dedi, Brian V Jones, Kazunori Ikebukuro
    • Journal Title

      Journal of Microbiological Methods

      Volume: 104 Pages: 94-100

    • DOI

      10.1016/j.mimet.2014.06.016

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 核酸リガンド “アプタマー” のリプログラミング2014

    • Author(s)
      池袋一典、セーボレー那沙、阿部公一
    • Journal Title

      高分子

      Volume: 63 Pages: 718-720

  • [Presentation] 水和イオン液体中でのトロンビンートロンビン結合アプタマーの結合2015

    • Author(s)
      誉田拓也、セーボレー那沙、阿部公一、藤田恭子、大野弘幸、池袋一典
    • Organizer
      日本化学会第95春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [Presentation] 抗VEGF抗体 bevacizumab (Avastin) のanti-idiotype aptamerの探索2015

    • Author(s)
      阿部公一、齊藤太郎、山本幸美、セーボレー那沙、轟木堅一郎、池袋一典
    • Organizer
      日本化学会第95春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [Presentation] in silico maturation : improvement of aptamer functions based on genetic algorithms employing in vitro functional screening process2014

    • Author(s)
      Nasa Savory, Tomomi Yokoyama, Taiki Saito, Yoshihiko Nonaka, Takahiro Fukaya, Wataru Yoshida, Koichi Abe, Kazunori Ikebukuro
    • Organizer
      The 4lst International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2014
    • Place of Presentation
      北九州国際会議場
    • Year and Date
      2014-11-05 – 2014-11-07
  • [Presentation] グルコース脱水素酵素融合ジンクフィンガー蛋白質の電気化学検出への応用2014

    • Author(s)
      セーボレー那沙、李鎭煕、阿部公一、池袋一典
    • Organizer
      2014年電気化学会秋季大会
    • Place of Presentation
      北海道大学
    • Year and Date
      2014-09-27 – 2014-09-28
  • [Presentation] In silico maturation : advanced aptamer development for biosensing applications2014

    • Author(s)
      Nasa Savory, Brian V. Jones, Koichi Abe, Kazunori Ikebukuro
    • Organizer
      Biosensors 2014
    • Place of Presentation
      Melbourne(Australia)
    • Year and Date
      2014-05-27 – 2014-05-30
  • [Presentation] DNA aptamers against the Cry j 2 allergen of Japanese cedar pollen2014

    • Author(s)
      Kazumasa Ogihara, Nasa Savory, Koichi Abe, Wataru Yoshida, Masahiko Asahi, Seika Kamohara, Kazunori Ikebukuro
    • Organizer
      Biosensors 2014
    • Place of Presentation
      Melbourne(Australia)
    • Year and Date
      2014-05-27 – 2014-05-30

URL: 

Published: 2016-06-01  

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