2001 Fiscal Year Annual Research Report

高等動物ゲノム配列と染色体構造の統合をめざす複製タイミングの高精度地図作成

Research Project

Project/Area Number	13202062
Research Institution	National Institute of Genetics
Principal Investigator	池村淑道国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (50025475)
Keywords	染色体バンド / S期内複製時期 / GC含量 / SNP / がん遺伝子 / 遺伝子密度 / 病因遺伝子 / 複製時期の転換部位
Research Abstract	染色体バンドに代表されるようなゲノム上の大規模な不均一性の実体やその機能を分子レベルで解明することは、今後のゲノム解析および医学研究において重要な基礎知見を与える。この目的を遂行するため、ヒト21番染色体長腕(35Mb)および11番染色体長腕(80Mb)の全域を対象に、約450箇所のSTS部位のS期内複製時期を塩基配列レベルで測定し、詳細な複製時期地図を作成した。11qおよび21qの解析から、GC含量の区分境界と複製時期の転換部位との間に密接な関係があることが判明した。S期前半から後半への複製時期の転換部位には腫瘍関連遺伝子や、家族性アルツハイマー病と関係した遺伝子であるAPPや家族性ALSの原因遺伝子のSOD1、てんかん症と関係したGRIK1などの脳神経疾患遺伝子類も存在していた。複製時期の転換領域およびその周辺領域は、SNPの高頻度領域とも関係していた。11qおよび21qについて、マウスゲノムと比較し、染色体レベルで相同性の切り替わる部位を特定したところ、これらの部位は複製時期の転換領域またはその近傍に集中していることが判明した。これらの結果から、複製時期の転換機構は、ヒトの疾患およびゲノム進化の分子機構と密接に関連しており、ゲノムに多様性をもたらす原因のひとつであると推定した。詳細については、Hum.Mol.Genet.(Watanabe et al., Vol.11, 13-21, 2002)に発表した。

Research Products

(6 results)

All Other

All Publications (6 results)

[Publications] Y. Watanabe: "Chromosome-wide assessment of replication timing for human chromosomes 11q and 21q : disease-related genes in timing-switch regions"Human Molecular Genetics. 11. 13-21 (2002)
[Publications] T. Fukagawa: "CENP-H, a constitutive centromere component, is required for centromere targeting of CENP-C in vertebrate cells"The EMBO Journal. 20. 4603-4617 (2001)
[Publications] T. Fukagawa: "Creation and characterization of temperature-sensitive CENP-C mutants in vertebrate cells"Nucleic Acids Research. 29. 3796-3803 (2001)
[Publications] S. Kanaya: "Analysis of codon usage diversity of bacterial genes with a self-organizing map (SOM) : characterization of horizontally transferred genes with emphasis on the E. coli O157 genome"Gene. 276. 89-99 (2001)
[Publications] S. Kanaya: "Codon usage and tRNA genes in eukaryotes : correlation of codon usage diversity with translation efficiency and with CG-dinucleotide usage as assessed by multivariate analysis"J. Mol. Evol.. 53. 290-298 (2001)
[Publications] T. Shina: "Genomic anatomy of a premier major histocompatibility complex paralogous region on chromosome 1q21-q22"Genome Research. 11. 789-802 (2001)

2001 Fiscal Year Annual Research Report

高等動物ゲノム配列と染色体構造の統合をめざす複製タイミングの高精度地図作成

Principal Investigator

池村 淑道 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (50025475)

Research Products

[Publications] Y. Watanabe: "Chromosome-wide assessment of replication timing for human chromosomes 11q and 21q : disease-related genes in timing-switch regions"Human Molecular Genetics. 11. 13-21 (2002)

[Publications] T. Fukagawa: "CENP-H, a constitutive centromere component, is required for centromere targeting of CENP-C in vertebrate cells"The EMBO Journal. 20. 4603-4617 (2001)

[Publications] T. Fukagawa: "Creation and characterization of temperature-sensitive CENP-C mutants in vertebrate cells"Nucleic Acids Research. 29. 3796-3803 (2001)

[Publications] S. Kanaya: "Analysis of codon usage diversity of bacterial genes with a self-organizing map (SOM) : characterization of horizontally transferred genes with emphasis on the E. coli O157 genome"Gene. 276. 89-99 (2001)

[Publications] S. Kanaya: "Codon usage and tRNA genes in eukaryotes : correlation of codon usage diversity with translation efficiency and with CG-dinucleotide usage as assessed by multivariate analysis"J. Mol. Evol.. 53. 290-298 (2001)

[Publications] T. Shina: "Genomic anatomy of a premier major histocompatibility complex paralogous region on chromosome 1q21-q22"Genome Research. 11. 789-802 (2001)

池村淑道国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (50025475)