2001 Fiscal Year Annual Research Report

多因子疾患発現機構解明のための混合遺伝モデルによる複数QTL解析法の開発

Research Project

Project/Area Number	13204044
Research Institution	Kyoto University
Principal Investigator	佐々木義之京都大学, 農学研究科, 教授 (10041013)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	揖斐隆之京都大学, 農学研究科, 助手 (70335305)
Keywords	シミュレーション / QTL / エピスタシス効果 / アルゴリズム / ベイズ推定法 / 主効果
Research Abstract	1)シミュレーション実験の中で、F2の個体数、QTL分散の大きさおよびQTLの組み合わせを変化させてデータを発生し、解析を行った。その結果、F2個体が1,000頭の場合、主効果に関しては2〜3%以上、エピスタシス効果については、4%以上の寄与のある効果の検出が可能であり、F2個体が200頭の場合でも、主効果に関して10%以上、エピスタシス効果に関して15〜20%以上の寄与の効果を検出できることが分かった。また、近交系間F2ラットのデータを分析した結果、インターバルマッピング法で検出されなかったQTLおよびQTL間のエピスタシスが検出され、MC-IM法の有効性が示された。 2)ポリジーン効果ならびに環境効果を取り上げた混合遺伝モデルによる多因子疾患発現機構解明のための新たなQTL解析法の開発に対して、Metropolis-Hastings(MH)アルゴリズムおよびリバーシブルジャンプマルコフ連鎖モンテカルロ(RJMCMC)を用いたベイズ推定法に基づく手法を開発した。この方法により、想定したQTLの数、また各々のもつ効果の大きさ、染色体上の位置がいずれも偏りなく推定可能であることがシミュレーション実験によって示された。また、ポリジーン分散および環境分散についてもほぼ真値通りの結果が得られた。

Research Products

(7 results)

All Other

All Publications (7 results)

[Publications] Tanomura, H.: "Detection of a quantitative trait locus for intramuscular fat accumulation using the OLETF rat"J. Vet. Med. Sci. (in press).
[Publications] Umezu, Y.: "Detection of rat model useful for genetic analysis of intramuscular fat accumulation"J. Anim. Genet.. 29. 3-10 (2001)
[Publications] Yamada, T.: "Identification of epistatic interactions involved in non-insulin-dependent diabetes mellitus in the Otsuka Long-Evans Tokushima Fatty rat"Exp. Anim.. 50. 115-123 (2001)
[Publications] Minami, T.: "Role of Atp7b gene in spontaneous and N-diethylnitrosamine-induced carcinogenesis in a new congenic strain, WKAH.C-Atp7b rats"Jpn. J. Cancer Res.. 92. 841-847 (2001)
[Publications] Taniguchi, Y.: "Analysis of expressed sequence tags from a cDNA library of somatic nuclear transfer-derived cloned bovine whole fetus"Anim. Genet.. 32. 1-6 (2001)
[Publications] Minoshima, Y.: "Molecular cloning, expression analysis, promoter characterization, and chromosomal localization of the bovine PREF1 gene"Anim. Genet.. 32. 333-339 (2001)
[Publications] 動物遺伝育種シンポジウム組織委員会(編集): "動物遺伝育種学事典"株式会社朝倉書店. 636 (2001)

2001 Fiscal Year Annual Research Report

多因子疾患発現機構解明のための混合遺伝モデルによる複数QTL解析法の開発

Principal Investigator

佐々木 義之 京都大学, 農学研究科, 教授 (10041013)

Research Products

[Publications] Tanomura, H.: "Detection of a quantitative trait locus for intramuscular fat accumulation using the OLETF rat"J. Vet. Med. Sci. (in press).

[Publications] Umezu, Y.: "Detection of rat model useful for genetic analysis of intramuscular fat accumulation"J. Anim. Genet.. 29. 3-10 (2001)

[Publications] Yamada, T.: "Identification of epistatic interactions involved in non-insulin-dependent diabetes mellitus in the Otsuka Long-Evans Tokushima Fatty rat"Exp. Anim.. 50. 115-123 (2001)

[Publications] Minami, T.: "Role of Atp7b gene in spontaneous and N-diethylnitrosamine-induced carcinogenesis in a new congenic strain, WKAH.C-Atp7b rats"Jpn. J. Cancer Res.. 92. 841-847 (2001)

[Publications] Taniguchi, Y.: "Analysis of expressed sequence tags from a cDNA library of somatic nuclear transfer-derived cloned bovine whole fetus"Anim. Genet.. 32. 1-6 (2001)

[Publications] Minoshima, Y.: "Molecular cloning, expression analysis, promoter characterization, and chromosomal localization of the bovine PREF1 gene"Anim. Genet.. 32. 333-339 (2001)

[Publications] 動物遺伝育種シンポジウム組織委員会(編集): "動物遺伝育種学事典"株式会社 朝倉書店. 636 (2001)

佐々木義之京都大学, 農学研究科, 教授 (10041013)

[Publications] 動物遺伝育種シンポジウム組織委員会(編集): "動物遺伝育種学事典"株式会社朝倉書店. 636 (2001)