2001 Fiscal Year Annual Research Report
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13208007
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
大澤 研二 名古屋大学, 大学院・多元数理科学研究科, 助教授 (50203758)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大沢 健夫 名古屋大学, 大学院・多元数理科学研究科, 教授 (30115802)
吉田 徹彦 東亜合成(株), 名古屋研究機構・新製品開発研究所, 主任研究員
尾畑 伸明 東北大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (10169360)
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| Keywords | ゲノム / タンデムリピート / 色彩化 / ヒトゲノム / 細菌 |
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| Research Abstract |
・ヒト21番染色体中のタンデムリピートの解析:ヒト21番染色体中のタンデムリピートの解析を行い、28Mbセグメント中に30塩基長以上の周期をもつタンデムリピートを約300ヶ所同定した。見つかったうちで最も長い周期は639塩基であった。全体に渡る分布では、ある領域に集中する傾向が見られるとともに、かなりの長さに渡ってタンデムリピートが存在しない領域が見られた。
・多くの細菌ゲノム中のタンデムリピートの探索:弘前大学の清水俊夫教授との共同研究により、大腸菌以外の細菌についても探索を行い、多くの知見を得た。特に一部の細菌ゲノムでは、非常に多くのタンデムリピートの存在が明らかとなった。また、ピロリ菌の一つのゲノムでは、大きなinverted repeatsの存在が明らかとなった。
・他の探索手法との比較:Bensonの開発したタンデムリピート探索法との比較により、二次元色彩化でのみ発見できるタンデムリピートの存在を確認した。ヒト21番染色体のRepeatMaskerによる反復配列の解析結果と比較し、多くのタンデムリピートが二次元色彩化でのみ見出される事を確認した(二次元色彩化により発見されたタンデムリピートのうち約40%がRepeatMaskerでは発見されていない)。
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