2001 Fiscal Year Annual Research Report

遺伝子ネットワークの解析と可視化システムの開発

Research Project

Project/Area Number	13208025
Research Institution	Kyushu University
Principal Investigator	篠原歩九州大学, 大学院・システム情報科学研究院, 助教授 (00226151)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	竹田正幸九州大学, 大学院・システム情報科学研究院, 助教授 (50216909)
Keywords	遺伝子発現 / パターン発見 / ゲノム情報処理 / パターン照合 / 機械発見 / 探索アルゴリズム / 機械学習
Research Abstract	本研究は,遺伝子の相互作用を明らかにするために,破壊や過剰発現による実験結果を集めた遺伝子発現プロファイルデータから,そこに内在する相互作用を表現するための規則をユーザとの対話の中で発見するためのシステムを開発することを目的とする.我々の研究グループでは,重み付きネットワークモデルを導入し,発現プロファイルデータから遺伝子間の力関係を辺の重みとして取り出すアルゴリズムを設計し,予備実験を行ってきた.このネットワークを効率よく可視化するための方法論を確立し,それを実装することが目的である. 本年は,グラフィカルモデリングと呼ばれる統計的手法の中で用いられている,共分散選択の技法を応用したシステムを構築し,実データに対して適用を行った.また,遺伝子発現プロファイルデータのみならず,遺伝子の配列情報を合わせてネットワークの同定をより高精度に行うことを目指して,配列データからそこに内在する共通なパターンを抽出する問題について,特に高機能化と高速化に力点をおいて研究を展開した.その結果,部分文字列パターンおよびエピソードパターンに関して,実用的な時間で最も分類精度の高いパターンを見つけだすアルゴリズムの開発に成功した.また,その中で頻繁に用いられる部分に特化したデータ構造を開発し,これらを機械発見システムBONSAIの中に組み込んだ.このことにより,これまでの部分文字列パターンのみを用いた表現方法よりも簡潔でより分類精度のよい決定木が抽出できることを確認した.

Research Products
(6 results)

All Other

All Publications (6 results)

[Publications] H.Bannai et al.: "More Speed and More Pattern Variations for Knowledge Discovery System BONSAI"Genome Informatics 2001. 454-455 (2001)
[Publications] S.Aburatani et al.: "Correspondence between a Genetic Network Inferred from Expression Profiles by Strategic Gene Disruptions and the Known Regulatory Relationships"Genome Informatics 2001. 268-269 (2001)
[Publications] K.Iida et al.: "Extension and Speed up of Knowledge Discovery System BONSAI"Pacific Symposium on Biocomputing 2002 (poster abstracts). 100-100 (2002)
[Publications] T.Kida et al.: "Multiple Pattern Matching Algorithms on Collage System"Lecture Notes in Computer Science. 2089. 193-206 (2001)
[Publications] M.Hirao et al.: "A Practical Algorithm to Find the Best Episode Patterns"Lecture Notes in Artificial Intelligence. 2226. 435-440 (2001)
[Publications] S.Inenaga et al.: "On-Line Construction of Symmetric Compact Directed Acyclic Word Graphs"Proc. 8^<th> International Symposium on String Processing and Information Retrieval. 96-110 (2001)

2001 Fiscal Year Annual Research Report

遺伝子ネットワークの解析と可視化システムの開発

Principal Investigator

篠原 歩 九州大学, 大学院・システム情報科学研究院, 助教授 (00226151)

Research Products

[Publications] H.Bannai et al.: "More Speed and More Pattern Variations for Knowledge Discovery System BONSAI"Genome Informatics 2001. 454-455 (2001)

[Publications] S.Aburatani et al.: "Correspondence between a Genetic Network Inferred from Expression Profiles by Strategic Gene Disruptions and the Known Regulatory Relationships"Genome Informatics 2001. 268-269 (2001)

[Publications] K.Iida et al.: "Extension and Speed up of Knowledge Discovery System BONSAI"Pacific Symposium on Biocomputing 2002 (poster abstracts). 100-100 (2002)

[Publications] T.Kida et al.: "Multiple Pattern Matching Algorithms on Collage System"Lecture Notes in Computer Science. 2089. 193-206 (2001)

[Publications] M.Hirao et al.: "A Practical Algorithm to Find the Best Episode Patterns"Lecture Notes in Artificial Intelligence. 2226. 435-440 (2001)

[Publications] S.Inenaga et al.: "On-Line Construction of Symmetric Compact Directed Acyclic Word Graphs"Proc. 8^<th> International Symposium on String Processing and Information Retrieval. 96-110 (2001)

篠原歩九州大学, 大学院・システム情報科学研究院, 助教授 (00226151)