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2002 Fiscal Year Annual Research Report

DNAマイクロアレーを用いたコムギの機能ゲノム育種研究システムの開発

Research Project

Project/Area Number 13356001
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

荻原 保成  横浜市立大学, 木原生物学研究所, 助教授 (40185533)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 辻本 敦美  DNAチップ研(株), 主任研究員
山崎 由紀子  国立遺伝学研究所, 生物遺伝資源情報総合センター, 助教授 (00239956)
村井 耕二  福井県立大学, 生物資源学部, 助教授 (70261097)
Keywordsコムギ / cDNAライブラリ / ESTの大量解析 / クラスタリング / ボディーマップ / クローンの選抜 / マイクロアレイ作成 / 機能ゲノム育種
Research Abstract

作物の種子形成過程は、栄養生長から生殖生長への移行、花器官の形成、配偶子の形成、受精、登熟と様々な発育段階を含む。本研究は、(1)コムギの種子形成過程における2種類の重要な組織(幼穂と登熟過程の種子)から構築したcDNAライブラリーを用い、これらの組織の大量EST解析を体系的に行い、この時期に発現されている遺伝子のカタログ化をはかる。(2)機能ゲノム科学のツールとして注目されているDNAマイクロアレー技術を作物の種子形成過程に適用し、環境受容から器官形成における遺伝子制御ネットワークをモニタリングし、これらの過程で特異的に発現するcDNAの遺伝子発現パターンを解析できるシステムを開発する。(3)コムギの生活環で働く遺伝子の構造・発現パターンの特徴をデータベース化する。さらに、(4)新奇に発見した重要農業形質(製粉性、穂発芽抵抗性、感光性、播き性、耐凍性等)に関連する遺伝子の特許を申請し、実際の育種に活かす、ことを目的とした。本年度は研究が進展し、コムギの生活環の代表的な10組織における116278塩基配列を決定し、これらの配列を「phrap」で25971contigにグルーピングした。これらの遺伝子のうち重複をさけ、(1)種子登熟過程の3364クローン、(2)穎花分化期の幼穂の3260クローンを選抜し、それぞれスポッティングした(1)コムギ種子登熟過程cDNAマイクロアレイ、(2)花器官分化過程解析アレイ、を作成した。このアレーに種々の環境条件で育成したコムギの組織からRNAをターゲットとしてハイブリダイゼーションを行った。各条件に特徴的な遺伝子発現パターンを体系的に解析し、cDNAマイクロアレー検出システムが機能することを確認した。

  • Research Products

    (1 results)

All Other

All Publications (1 results)

  • [Publications] Y.Ogihara, K.Mochida, Y.Nemoto, K.Murai, Y.Yamazaki, T.Shin-I, Y.Kohara: "Correlated clustering and virtual display of gene expression patterns in the wheat life cycle by large-scale statistical analyses of expressed sequence tags"The Plant Journal. 33(6). 1001-1011 (2003)

URL: 

Published: 2004-04-07   Modified: 2016-04-21  

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